More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1876 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 345 aa  707    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  64.41 
 
 		 351 aa  465  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 336 aa  219  7e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  36.95 
 
 		 343 aa  212  9e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  34.68 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.38 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.84 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  34.27 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.67 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.24 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.57 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.21 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  34.8 
 
 		 331 aa  185  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.27 
 
 		 341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.22 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 343 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 343 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 343 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 343 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 343 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.75 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 		 341 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 330 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.29 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 336 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  32.36 
 
 		 336 aa  180  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4691  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0374666  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 339 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 342 aa  179  5.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.2 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.4 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  31.2 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  32.26 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  30.99 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  30.99 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  30.99 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.81 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  31.38 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.9 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.55 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1286  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 338 aa  176  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000013505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.81 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.78 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.78 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.78 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.59 
 
 		 333 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 337 aa  176  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.38 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  33.04 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.49 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 333 aa  174  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.94 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  33.71 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.49 
 
 		 341 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.2 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.38 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  30.37 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  30.66 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.38 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  173  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 		 342 aa  173  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.09 
 
 		 332 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  31.49 
 
 		 340 aa  173  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.79 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  33.62 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  33.62 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  33.62 
 
 		 333 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 338 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  31.47 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>