More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1883 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 351 aa  711    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  64.41 
 
 		 345 aa  465  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  38.82 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  35.47 
 
 		 337 aa  202  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.04 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.01 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.91 
 
 		 346 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.62 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.37 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  33.14 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.69 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 341 aa  192  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 338 aa  192  7e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.58 
 
 		 348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 		 330 aa  190  4e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.17 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  34.97 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 333 aa  187  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.72 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 336 aa  186  6e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  31.61 
 
 		 333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.58 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.74 
 
 		 333 aa  182  7e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 336 aa  182  9.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.59 
 
 		 353 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.84 
 
 		 341 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.62 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  30.9 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  31.27 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.51 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  31.3 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 336 aa  179  4.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.03 
 
 		 346 aa  179  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  31.27 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 		 341 aa  178  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  30.61 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 		 341 aa  178  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 		 346 aa  178  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 		 341 aa  178  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.39 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.36 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 		 335 aa  177  4e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 353 aa  176  8e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.97 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 386 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.38 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.67 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.34 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.97 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  31.81 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 339 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  31.79 
 
 		 336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1077  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  30.43 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 323 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.95 
 
 		 338 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.52 
 
 		 328 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.62 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.66 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.18 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>