More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1077 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1077  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 345 aa  710    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2649  LacI family transcription regulator  40.95 
 
 		 337 aa  270  4e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2335  LacI family transcription regulator  41.47 
 
 		 337 aa  269  5e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0698  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 345 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000445681  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.98 
 
 		 330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.04 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.42 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.97 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 339 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.21 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.81 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  31.18 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 		 333 aa  172  1e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.02 
 
 		 341 aa  169  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.02 
 
 		 341 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.02 
 
 		 341 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.82 
 
 		 335 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  31.07 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.46 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.56 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.95 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  29.31 
 
 		 341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  33.62 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.66 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.32 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.15 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.15 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 333 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 346 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.41 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  30.26 
 
 		 338 aa  162  7e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.09 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.68 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.43 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.85 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.45 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.59 
 
 		 347 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 336 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.98 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 343 aa  159  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 343 aa  159  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.11 
 
 		 338 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.59 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  28.75 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4691  transcriptional regulator, LacI family  29.51 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0374666  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  30.58 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  31.97 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.97 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  31.15 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.62 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.38 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  28.43 
 
 		 343 aa  157  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  31.66 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  31.66 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.7 
 
 		 334 aa  157  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.49 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.66 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.06 
 
 		 355 aa  156  6e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  30.98 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  28.74 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.07 
 
 		 331 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  32.17 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  30.82 
 
 		 330 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>