More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1880 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  693    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  49.7 
 
 		 352 aa  315  5e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  38.97 
 
 		 340 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 		 330 aa  239  5e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  42.81 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 343 aa  233  5e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 341 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  38.02 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 340 aa  222  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.74 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  33.83 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 346 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 346 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 366 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  33.84 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 348 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 		 348 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 		 344 aa  187  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 351 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  33.13 
 
 		 345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 339 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  31.42 
 
 		 340 aa  182  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 345 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 344 aa  182  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  34.86 
 
 		 335 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  30.84 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 344 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 376 aa  162  9e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.5 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  32.46 
 
 		 338 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 346 aa  135  8e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  31.3 
 
 		 343 aa  135  9e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  30.21 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.79 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  32.66 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  32.73 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.5 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 328 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  32.44 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 331 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 		 336 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0485  transcriptional repressor, LacI family  31.79 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.29 
 
 		 376 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 331 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4696  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.74 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.13 
 
 		 336 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.99 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 351 aa  124  4e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1780  sucrose operon repressor  27.99 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000248781 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  26.89 
 
 		 339 aa  123  5e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4307  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.19442  normal  0.853045 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 338 aa  122  9e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  32.67 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5673  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 343 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227027  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3470  transcriptional regulator, LacI family  33.89 
 
 		 331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 358 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  28.01 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1520  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 338 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  27.93 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 352 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4438  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0401839 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 336 aa  119  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 		 354 aa  119  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 340 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>