More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1320 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 342 aa  699    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2090  LacI family transcription regulator  50.45 
 
 		 338 aa  289  6e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  39.3 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  42.04 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  38.87 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  39.35 
 
 		 345 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 351 aa  243  5e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  38.12 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  38.12 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 346 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.12 
 
 		 348 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  38.12 
 
 		 348 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  38.3 
 
 		 346 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  41.25 
 
 		 344 aa  235  8e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  39.1 
 
 		 342 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  38.58 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.87 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  38.99 
 
 		 376 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 344 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  36.53 
 
 		 343 aa  222  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.91 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  33.43 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  31.74 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.27 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  29.38 
 
 		 386 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 344 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.68 
 
 		 342 aa  143  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  34.54 
 
 		 348 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  30.3 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  33.63 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.38 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.25 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.38 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.77 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.36 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.21 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 338 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3529  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  30.79 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.49 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0408  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 334 aa  133  6e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.16 
 
 		 341 aa  133  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  31.09 
 
 		 352 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.89 
 
 		 338 aa  132  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.43 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.43 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.63 
 
 		 355 aa  132  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 359 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 		 336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0925  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  33.33 
 
 		 337 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.197996  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.32 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02810  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7472  transcriptional regulator LacI family  31.96 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  33.72 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.38 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.49 
 
 		 333 aa  129  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.79 
 
 		 338 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  27.63 
 
 		 340 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  29.2 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.55 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  27.6 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0228  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>