More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0246 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 
538 aa  1065    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.95 
 
 
464 aa  196  7e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 
497 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.74 
 
 
562 aa  169  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.49 
 
 
522 aa  169  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.33 
 
 
464 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.18 
 
 
472 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.71 
 
 
472 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.65 
 
 
472 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.64 
 
 
487 aa  154  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.54 
 
 
480 aa  153  8e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.53 
 
 
463 aa  153  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.31 
 
 
489 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  31.8 
 
 
469 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.32 
 
 
478 aa  150  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.28 
 
 
460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.56 
 
 
538 aa  147  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.29 
 
 
483 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  31.41 
 
 
461 aa  143  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.72 
 
 
490 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.83 
 
 
462 aa  141  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.99 
 
 
485 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 
456 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.86 
 
 
518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  29.11 
 
 
438 aa  133  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.3 
 
 
463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31 
 
 
492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.41 
 
 
494 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.6 
 
 
497 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  28.9 
 
 
472 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.05 
 
 
488 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.54 
 
 
488 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.54 
 
 
497 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.57 
 
 
463 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.11 
 
 
461 aa  120  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.52 
 
 
428 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.83 
 
 
497 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  28.94 
 
 
452 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.97 
 
 
455 aa  115  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  28.71 
 
 
456 aa  114  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.41 
 
 
477 aa  113  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.68 
 
 
517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.53 
 
 
465 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.39 
 
 
466 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  29.39 
 
 
466 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.33 
 
 
553 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  28.61 
 
 
456 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.76 
 
 
449 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.88 
 
 
607 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.63 
 
 
658 aa  99  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.31 
 
 
456 aa  95.9  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.75 
 
 
457 aa  94.7  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.94 
 
 
636 aa  95.1  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  26.33 
 
 
427 aa  93.6  9e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  25.42 
 
 
423 aa  92.8  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.81 
 
 
609 aa  93.2  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.19 
 
 
473 aa  92.8  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.29 
 
 
405 aa  90.9  6e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.68 
 
 
489 aa  89.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.2 
 
 
484 aa  89  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.47 
 
 
446 aa  87.4  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.69 
 
 
484 aa  85.9  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.57 
 
 
566 aa  85.9  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.56 
 
 
461 aa  85.5  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.37 
 
 
460 aa  85.1  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.87 
 
 
462 aa  85.1  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  22.97 
 
 
432 aa  82.8  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  23.91 
 
 
559 aa  80.9  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.05 
 
 
442 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.31 
 
 
498 aa  79.7  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.86 
 
 
457 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.41 
 
 
472 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.45 
 
 
452 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48090  alkaline protease secretion outer membrane protein AprF precursor  26 
 
 
481 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0152412 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.91 
 
 
475 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.41 
 
 
441 aa  77  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.21 
 
 
452 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  28.5 
 
 
492 aa  75.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.96 
 
 
452 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.44 
 
 
476 aa  75.1  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.64 
 
 
444 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000668163 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.64 
 
 
444 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  28.57 
 
 
493 aa  73.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.97 
 
 
633 aa  72.4  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  23.1 
 
 
438 aa  72.4  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.1 
 
 
451 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  24.02 
 
 
469 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.94 
 
 
477 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.58 
 
 
470 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 
471 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.67 
 
 
464 aa  70.9  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.5 
 
 
450 aa  70.9  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.86 
 
 
466 aa  70.5  0.00000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.85 
 
 
440 aa  70.5  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  26.08 
 
 
420 aa  70.5  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4144  alkaline protease secretion protein AprF  25.29 
 
 
477 aa  70.5  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0485622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.06 
 
 
451 aa  70.1  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.47 
 
 
452 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.3 
 
 
452 aa  70.1  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.38 
 
 
470 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>