More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1462 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.29 
 
 
452 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.58 
 
 
457 aa  692    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.07 
 
 
452 aa  672    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  68.58 
 
 
451 aa  639    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 
452 aa  928    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.29 
 
 
452 aa  674    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  52.47 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  51.69 
 
 
445 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  48.02 
 
 
450 aa  413  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.79 
 
 
450 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.5 
 
 
456 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.5 
 
 
457 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.36 
 
 
442 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  35.75 
 
 
574 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  35.83 
 
 
574 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  35.78 
 
 
445 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  35.71 
 
 
469 aa  265  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.35 
 
 
475 aa  260  3e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  34.51 
 
 
437 aa  260  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  35.75 
 
 
436 aa  260  5.0000000000000005e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.54 
 
 
472 aa  259  9e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.94 
 
 
468 aa  256  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.99 
 
 
470 aa  256  6e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  34.58 
 
 
436 aa  255  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.7 
 
 
470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.47 
 
 
441 aa  251  1e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.75 
 
 
471 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  35.86 
 
 
471 aa  249  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.63 
 
 
471 aa  250  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.38 
 
 
472 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  37.77 
 
 
430 aa  247  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.19 
 
 
471 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.19 
 
 
471 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  34.3 
 
 
469 aa  246  8e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.15 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.15 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.15 
 
 
472 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.8 
 
 
484 aa  239  8e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  34.27 
 
 
440 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.47 
 
 
501 aa  237  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  32.87 
 
 
425 aa  232  9e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  33.97 
 
 
423 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.26 
 
 
466 aa  226  6e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.39 
 
 
491 aa  226  9e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.94 
 
 
607 aa  225  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.11 
 
 
609 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.15 
 
 
471 aa  219  8.999999999999998e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.97 
 
 
484 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.74 
 
 
636 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.8 
 
 
472 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.81 
 
 
658 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.11 
 
 
431 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.83 
 
 
633 aa  205  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  35.31 
 
 
492 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.54 
 
 
451 aa  187  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.37 
 
 
450 aa  187  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.42 
 
 
440 aa  180  4e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.65 
 
 
472 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.4 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.08 
 
 
450 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.27 
 
 
456 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.91 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.32 
 
 
475 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.05 
 
 
467 aa  144  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.3 
 
 
443 aa  144  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  28.81 
 
 
559 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 
566 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27 
 
 
519 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.78 
 
 
524 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.34 
 
 
464 aa  129  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  26.2 
 
 
456 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.25 
 
 
455 aa  106  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  24.94 
 
 
452 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.69 
 
 
456 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  24.44 
 
 
472 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.92 
 
 
487 aa  95.5  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  24.82 
 
 
425 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  23.44 
 
 
432 aa  92.8  1e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.3 
 
 
428 aa  93.2  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.24 
 
 
522 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  25.12 
 
 
425 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  28.87 
 
 
466 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.29 
 
 
494 aa  91.3  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.37 
 
 
460 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.49 
 
 
466 aa  90.5  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.77 
 
 
483 aa  90.5  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  25.06 
 
 
438 aa  89.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1629  outer membrane efflux protein  24.8 
 
 
438 aa  89  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1000  outer membrane efflux protein  26.88 
 
 
440 aa  88.2  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.148776  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  23.23 
 
 
451 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25 
 
 
472 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  27.19 
 
 
456 aa  88.2  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.97 
 
 
463 aa  87.8  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.53 
 
 
472 aa  87.8  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  23.02 
 
 
461 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.12 
 
 
452 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.31 
 
 
442 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.87 
 
 
405 aa  85.9  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.44 
 
 
463 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  24.7 
 
 
463 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>