More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1907 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  82.17 
 
 		 472 aa  773    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  77.63 
 
 		 469 aa  712    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  73.46 
 
 		 438 aa  659    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  89.38 
 
 		 472 aa  851    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 472 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.23 
 
 		 522 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.02 
 
 		 460 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.7 
 
 		 463 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  48.09 
 
 		 490 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.19 
 
 		 464 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.82 
 
 		 487 aa  374  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  46.47 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.84 
 
 		 463 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.86 
 
 		 463 aa  344  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.18 
 
 		 478 aa  344  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.59 
 
 		 480 aa  343  4e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.72 
 
 		 518 aa  342  9e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.02 
 
 		 489 aa  338  9e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.76 
 
 		 488 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.76 
 
 		 497 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.67 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.89 
 
 		 488 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.59 
 
 		 483 aa  307  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.18 
 
 		 464 aa  306  7e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.09 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.63 
 
 		 553 aa  300  5e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.07 
 
 		 461 aa  293  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  41 
 
 		 452 aa  286  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  41 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  38.62 
 
 		 472 aa  269  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.33 
 
 		 538 aa  259  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.27 
 
 		 428 aa  224  3e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.15 
 
 		 497 aa  206  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.11 
 
 		 405 aa  205  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.53 
 
 		 485 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.42 
 
 		 494 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.15 
 
 		 462 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.22 
 
 		 497 aa  187  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34 
 
 		 466 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.2 
 
 		 497 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.93 
 
 		 466 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  32.89 
 
 		 456 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.63 
 
 		 465 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.71 
 
 		 517 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.44 
 
 		 462 aa  170  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.43 
 
 		 562 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.84 
 
 		 473 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.55 
 
 		 477 aa  151  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.18 
 
 		 464 aa  144  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.34 
 
 		 538 aa  143  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.63 
 
 		 492 aa  140  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.62 
 
 		 444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  28.93 
 
 		 423 aa  136  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.09 
 
 		 460 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.7 
 
 		 446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  26.28 
 
 		 469 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.22 
 
 		 470 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.85 
 
 		 470 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  27.2 
 
 		 432 aa  124  5e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.05 
 
 		 501 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.46 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.3 
 
 		 524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.36 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.76 
 
 		 431 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.83 
 
 		 473 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.83 
 
 		 473 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.5 
 
 		 449 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.79 
 
 		 442 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.19 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.38 
 
 		 475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.03 
 
 		 475 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.83 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.69 
 
 		 450 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.87 
 
 		 471 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.63 
 
 		 472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.35 
 
 		 468 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.15 
 
 		 445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.14 
 
 		 471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.14 
 
 		 471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.33 
 
 		 457 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  22.4 
 
 		 469 aa  110  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.5 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.25 
 
 		 471 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.33 
 
 		 456 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.59 
 
 		 440 aa  109  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.65 
 
 		 466 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.94 
 
 		 445 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.66 
 
 		 471 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.63 
 
 		 452 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  22.73 
 
 		 437 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.96 
 
 		 430 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  23.72 
 
 		 436 aa  103  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23 
 
 		 441 aa  103  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.63 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.39 
 
 		 452 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.4 
 
 		 459 aa  100  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24 
 
 		 450 aa  100  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.7 
 
 		 451 aa  100  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.36 
 
 		 476 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.09 
 
 		 491 aa  98.6  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>