More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1991 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 473 aa  927    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  45.15 
 
 		 465 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  44.37 
 
 		 466 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.16 
 
 		 466 aa  340  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  41.53 
 
 		 462 aa  305  1.0000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  43.84 
 
 		 456 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.23 
 
 		 464 aa  289  7e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.15 
 
 		 464 aa  216  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.95 
 
 		 455 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  34.94 
 
 		 456 aa  203  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.49 
 
 		 463 aa  204  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.08 
 
 		 480 aa  203  5e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.61 
 
 		 489 aa  202  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  35.24 
 
 		 452 aa  201  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.13 
 
 		 518 aa  200  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.28 
 
 		 538 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.48 
 
 		 478 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.63 
 
 		 497 aa  192  7e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.63 
 
 		 488 aa  192  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.63 
 
 		 463 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.05 
 
 		 487 aa  186  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.49 
 
 		 497 aa  184  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.79 
 
 		 488 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.97 
 
 		 461 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.29 
 
 		 460 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.87 
 
 		 522 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.61 
 
 		 462 aa  180  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.66 
 
 		 456 aa  179  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.65 
 
 		 490 aa  179  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  32.12 
 
 		 472 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.67 
 
 		 517 aa  177  3e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.03 
 
 		 483 aa  173  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.55 
 
 		 463 aa  173  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  30.75 
 
 		 438 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.62 
 
 		 553 aa  172  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  31.18 
 
 		 461 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.51 
 
 		 464 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.84 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.46 
 
 		 472 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.84 
 
 		 472 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  31.07 
 
 		 469 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.74 
 
 		 485 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.77 
 
 		 494 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.43 
 
 		 497 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.85 
 
 		 477 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.21 
 
 		 428 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.6 
 
 		 460 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.31 
 
 		 497 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  30.79 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  28.57 
 
 		 432 aa  127  6e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.83 
 
 		 449 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.57 
 
 		 405 aa  121  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.71 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.44 
 
 		 450 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.35 
 
 		 444 aa  109  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.9 
 
 		 492 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.33 
 
 		 472 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.23 
 
 		 445 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_002978  WD0068  outer membrane protein TolC, putative  25.46 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.896077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.42 
 
 		 451 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.23 
 
 		 456 aa  91.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.6 
 
 		 453 aa  89  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.45 
 
 		 459 aa  87.8  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.62 
 
 		 442 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.62 
 
 		 452 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.62 
 
 		 452 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.05 
 
 		 467 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 		 446 aa  84.7  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.08 
 
 		 452 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.54 
 
 		 538 aa  84.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.46 
 
 		 450 aa  83.6  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.24 
 
 		 440 aa  82.8  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.27 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.39 
 
 		 441 aa  82.8  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.27 
 
 		 468 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.7 
 
 		 452 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  24.13 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.46 
 
 		 431 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.3 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.89 
 
 		 471 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.24 
 
 		 512 aa  79.7  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.25 
 
 		 475 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.38 
 
 		 442 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.76 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.82 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.98 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48090  alkaline protease secretion outer membrane protein AprF precursor  26.8 
 
 		 481 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0152412 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.76 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.12 
 
 		 450 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.28 
 
 		 524 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.55 
 
 		 609 aa  77  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  26.28 
 
 		 494 aa  77  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.19 
 
 		 436 aa  77  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.26 
 
 		 494 aa  76.6  0.0000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2069  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.62 
 
 		 452 aa  75.9  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.29 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.6 
 
 		 475 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.87 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.91 
 
 		 471 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2145  outer membrane efflux protein  29.22 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>