More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2013 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  73.52 
 
 		 438 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 472 aa  932    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  80.51 
 
 		 472 aa  758    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  82.17 
 
 		 472 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  78.48 
 
 		 469 aa  719    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  49.1 
 
 		 490 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.23 
 
 		 460 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.73 
 
 		 463 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.54 
 
 		 464 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.96 
 
 		 522 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  47.5 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.09 
 
 		 487 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.14 
 
 		 489 aa  342  9e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.56 
 
 		 478 aa  341  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.61 
 
 		 480 aa  339  8e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.47 
 
 		 463 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.36 
 
 		 463 aa  333  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.94 
 
 		 518 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.08 
 
 		 483 aa  313  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.06 
 
 		 497 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.06 
 
 		 488 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.35 
 
 		 464 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  41.43 
 
 		 488 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  39 
 
 		 456 aa  299  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.26 
 
 		 461 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.96 
 
 		 455 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.94 
 
 		 553 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  41.55 
 
 		 456 aa  280  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  41.32 
 
 		 452 aa  278  1e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  37.05 
 
 		 472 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.15 
 
 		 538 aa  259  8e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.73 
 
 		 428 aa  206  7e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.06 
 
 		 497 aa  205  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.79 
 
 		 462 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.99 
 
 		 485 aa  192  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.12 
 
 		 494 aa  189  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.41 
 
 		 497 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  33.85 
 
 		 466 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.78 
 
 		 466 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.54 
 
 		 405 aa  186  9e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.53 
 
 		 465 aa  183  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  32.05 
 
 		 456 aa  179  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.04 
 
 		 562 aa  176  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.45 
 
 		 462 aa  172  9e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.89 
 
 		 497 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.74 
 
 		 517 aa  164  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.46 
 
 		 473 aa  157  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.1 
 
 		 477 aa  153  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.43 
 
 		 444 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.03 
 
 		 464 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.78 
 
 		 446 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.36 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.09 
 
 		 538 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.63 
 
 		 460 aa  136  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.16 
 
 		 470 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.45 
 
 		 449 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.51 
 
 		 469 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.08 
 
 		 471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.68 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  28.17 
 
 		 423 aa  126  8.000000000000001e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.01 
 
 		 472 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.91 
 
 		 472 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.43 
 
 		 471 aa  124  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.83 
 
 		 450 aa  123  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.43 
 
 		 471 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.43 
 
 		 471 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.26 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.7 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.01 
 
 		 519 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.93 
 
 		 524 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.26 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.21 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.59 
 
 		 475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.48 
 
 		 501 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.68 
 
 		 469 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  26.98 
 
 		 432 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.32 
 
 		 442 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.84 
 
 		 445 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.03 
 
 		 468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.94 
 
 		 431 aa  114  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.08 
 
 		 457 aa  114  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.85 
 
 		 456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.5 
 
 		 440 aa  111  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.71 
 
 		 461 aa  111  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  26.1 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25 
 
 		 475 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.29 
 
 		 466 aa  107  5e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.31 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.67 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.34 
 
 		 484 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.4 
 
 		 452 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.49 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.7 
 
 		 471 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  22.73 
 
 		 445 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.16 
 
 		 452 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.83 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.17 
 
 		 437 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.11 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.7 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.92 
 
 		 452 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>