More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4142 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.95 
 
 		 475 aa  822    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.27 
 
 		 472 aa  776    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  73.73 
 
 		 471 aa  741    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  76.06 
 
 		 473 aa  772    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  73.09 
 
 		 471 aa  737    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.27 
 
 		 472 aa  774    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  77.92 
 
 		 469 aa  776    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 472 aa  969    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  87.5 
 
 		 470 aa  865    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  75.58 
 
 		 468 aa  723    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.8 
 
 		 470 aa  817    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  74.15 
 
 		 471 aa  744    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  74.15 
 
 		 471 aa  744    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  73.67 
 
 		 469 aa  725    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.06 
 
 		 473 aa  772    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  74.15 
 
 		 471 aa  742    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  41.56 
 
 		 445 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  40.99 
 
 		 436 aa  358  8e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  39.29 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  37.25 
 
 		 437 aa  350  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  40.14 
 
 		 425 aa  350  4e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  39.57 
 
 		 440 aa  349  7e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  40.59 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  40 
 
 		 501 aa  337  3.9999999999999995e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  41.92 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.73 
 
 		 450 aa  306  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.44 
 
 		 431 aa  306  7e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.95 
 
 		 450 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.93 
 
 		 445 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.17 
 
 		 450 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.33 
 
 		 441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.3 
 
 		 451 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.14 
 
 		 442 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.28 
 
 		 457 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.58 
 
 		 452 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.54 
 
 		 452 aa  259  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.12 
 
 		 452 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.12 
 
 		 452 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  33.71 
 
 		 574 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  33.48 
 
 		 574 aa  254  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.36 
 
 		 456 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.92 
 
 		 457 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.17 
 
 		 472 aa  232  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.28 
 
 		 609 aa  230  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.7 
 
 		 484 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.26 
 
 		 491 aa  226  7e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.14 
 
 		 444 aa  226  7e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.13 
 
 		 607 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.41 
 
 		 471 aa  221  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.59 
 
 		 466 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.11 
 
 		 636 aa  217  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.12 
 
 		 658 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.73 
 
 		 484 aa  216  7e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.49 
 
 		 633 aa  209  8e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.18 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.12 
 
 		 451 aa  190  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  31.04 
 
 		 492 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.6 
 
 		 440 aa  189  8e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.98 
 
 		 450 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.04 
 
 		 456 aa  176  9e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.39 
 
 		 472 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.5 
 
 		 524 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.35 
 
 		 467 aa  156  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.22 
 
 		 476 aa  151  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.18 
 
 		 566 aa  151  2e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.21 
 
 		 519 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.56 
 
 		 443 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.94 
 
 		 475 aa  150  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  27.1 
 
 		 559 aa  146  6e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.45 
 
 		 489 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  23.85 
 
 		 438 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.14 
 
 		 522 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  23.64 
 
 		 469 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.56 
 
 		 456 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.57 
 
 		 463 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.44 
 
 		 460 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.79 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  22.82 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.17 
 
 		 472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.21 
 
 		 488 aa  127  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.21 
 
 		 497 aa  127  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.9 
 
 		 487 aa  126  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.01 
 
 		 472 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.32 
 
 		 463 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.78 
 
 		 518 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.75 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.46 
 
 		 472 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.24 
 
 		 488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.92 
 
 		 461 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.15 
 
 		 464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  22.27 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  24.06 
 
 		 452 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  24.06 
 
 		 456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.45 
 
 		 463 aa  110  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  23.82 
 
 		 425 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  23.6 
 
 		 425 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.06 
 
 		 428 aa  108  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.7 
 
 		 483 aa  106  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  22.61 
 
 		 472 aa  101  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.43 
 
 		 480 aa  100  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>