More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2024 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  88.84 
 
 
466 aa  794    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  88.84 
 
 
466 aa  797    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 
465 aa  917    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  54.95 
 
 
464 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  49.47 
 
 
456 aa  387  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  46.55 
 
 
462 aa  340  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.15 
 
 
473 aa  320  5e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.4 
 
 
463 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.34 
 
 
464 aa  219  6e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.2 
 
 
522 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.56 
 
 
487 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.43 
 
 
464 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.04 
 
 
497 aa  206  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.5 
 
 
460 aa  207  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.34 
 
 
489 aa  206  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.26 
 
 
518 aa  203  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  35.24 
 
 
461 aa  202  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 
461 aa  202  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.65 
 
 
478 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  33.95 
 
 
472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.35 
 
 
480 aa  201  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  34.76 
 
 
490 aa  199  7e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.94 
 
 
463 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  34.25 
 
 
438 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.63 
 
 
455 aa  196  8.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.16 
 
 
456 aa  196  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  33.78 
 
 
452 aa  193  6e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  33.78 
 
 
456 aa  193  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.53 
 
 
472 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.4 
 
 
538 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.27 
 
 
497 aa  190  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.27 
 
 
488 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  33.86 
 
 
469 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.97 
 
 
463 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.63 
 
 
472 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.8 
 
 
488 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.98 
 
 
483 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 
517 aa  179  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.71 
 
 
472 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.92 
 
 
494 aa  178  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.54 
 
 
462 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.08 
 
 
553 aa  172  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.3 
 
 
497 aa  172  9e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.48 
 
 
497 aa  168  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.55 
 
 
485 aa  166  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.86 
 
 
428 aa  162  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.22 
 
 
562 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.43 
 
 
405 aa  137  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.4 
 
 
460 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.21 
 
 
477 aa  133  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  26.61 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  25.07 
 
 
432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.55 
 
 
492 aa  110  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.34 
 
 
431 aa  101  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.07 
 
 
455 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.36 
 
 
491 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.84 
 
 
457 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.44 
 
 
468 aa  98.2  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.26 
 
 
450 aa  97.8  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.8 
 
 
452 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.38 
 
 
489 aa  97.4  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0068  outer membrane protein TolC, putative  30.1 
 
 
407 aa  97.1  6e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.896077  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.57 
 
 
452 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.64 
 
 
449 aa  95.5  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  26.16 
 
 
436 aa  94.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.31 
 
 
446 aa  95.1  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.8 
 
 
452 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0943  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.1 
 
 
481 aa  93.2  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359214  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  26.35 
 
 
419 aa  90.9  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  27.03 
 
 
445 aa  90.5  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  28.49 
 
 
437 aa  90.5  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.64 
 
 
444 aa  90.5  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.17 
 
 
453 aa  90.1  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  27.36 
 
 
462 aa  89.4  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  30.07 
 
 
451 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  27.3 
 
 
425 aa  89  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.27 
 
 
452 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.44 
 
 
440 aa  87.8  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.56 
 
 
449 aa  87.4  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.74 
 
 
512 aa  87  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  26.92 
 
 
423 aa  86.7  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.43 
 
 
452 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.05 
 
 
451 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.64 
 
 
450 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  23.97 
 
 
469 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.13 
 
 
405 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.96 
 
 
489 aa  84.7  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.05 
 
 
451 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.77 
 
 
456 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  26.67 
 
 
479 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.63 
 
 
494 aa  83.6  0.000000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.54 
 
 
461 aa  83.2  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.85 
 
 
436 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  27.92 
 
 
437 aa  82.8  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.97 
 
 
498 aa  82.8  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.09 
 
 
472 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.5 
 
 
441 aa  82.8  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.72 
 
 
538 aa  82  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.85 
 
 
442 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.74 
 
 
469 aa  81.3  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>