More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1293 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  100 
 
 		 430 aa  866    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.26 
 
 		 470 aa  349  5e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  43.53 
 
 		 469 aa  347  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.67 
 
 		 475 aa  346  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.18 
 
 		 470 aa  338  8e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.92 
 
 		 472 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.4 
 
 		 471 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.4 
 
 		 471 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.99 
 
 		 471 aa  334  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.78 
 
 		 472 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.09 
 
 		 472 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  39.91 
 
 		 469 aa  330  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.09 
 
 		 473 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.09 
 
 		 473 aa  330  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  40.32 
 
 		 471 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.62 
 
 		 471 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  40.41 
 
 		 468 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.75 
 
 		 445 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.7 
 
 		 450 aa  316  5e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  39.71 
 
 		 445 aa  310  4e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  39.53 
 
 		 450 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  38.68 
 
 		 436 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.83 
 
 		 441 aa  302  1e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  39.01 
 
 		 436 aa  298  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  37.91 
 
 		 437 aa  296  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  38.24 
 
 		 423 aa  292  6e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.89 
 
 		 501 aa  289  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  37.68 
 
 		 425 aa  289  5.0000000000000004e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  36.54 
 
 		 440 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.23 
 
 		 450 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.54 
 
 		 457 aa  279  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.31 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.81 
 
 		 451 aa  276  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.77 
 
 		 452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.15 
 
 		 442 aa  262  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.03 
 
 		 457 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.93 
 
 		 452 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.69 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.58 
 
 		 431 aa  248  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.06 
 
 		 452 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  33.72 
 
 		 574 aa  246  6.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  33.49 
 
 		 574 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.8 
 
 		 609 aa  232  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.41 
 
 		 636 aa  229  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.92 
 
 		 466 aa  227  4e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.44 
 
 		 484 aa  225  1e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.27 
 
 		 472 aa  216  5e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.2 
 
 		 471 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.42 
 
 		 491 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.62 
 
 		 607 aa  213  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  32.75 
 
 		 492 aa  211  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.34 
 
 		 658 aa  211  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.61 
 
 		 440 aa  209  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.42 
 
 		 484 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.11 
 
 		 633 aa  207  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.05 
 
 		 451 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  28.57 
 
 		 559 aa  171  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.21 
 
 		 444 aa  170  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.54 
 
 		 467 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.54 
 
 		 566 aa  167  5e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.26 
 
 		 524 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.76 
 
 		 519 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.4 
 
 		 450 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.36 
 
 		 450 aa  160  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.34 
 
 		 472 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 		 456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.73 
 
 		 463 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.42 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.94 
 
 		 518 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.64 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.99 
 
 		 489 aa  130  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.24 
 
 		 463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.68 
 
 		 488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.17 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.14 
 
 		 522 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.22 
 
 		 475 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.74 
 
 		 488 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.74 
 
 		 497 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.15 
 
 		 460 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.64 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.74 
 
 		 463 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.1 
 
 		 472 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.44 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.15 
 
 		 476 aa  119  7e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  24.38 
 
 		 461 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.32 
 
 		 538 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  26.01 
 
 		 472 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.96 
 
 		 472 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.97 
 
 		 472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  26.29 
 
 		 425 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.25 
 
 		 553 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  25.78 
 
 		 438 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  26.17 
 
 		 425 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  25.43 
 
 		 469 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.38 
 
 		 456 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.51 
 
 		 494 aa  109  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.6 
 
 		 483 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  25.31 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  25.06 
 
 		 456 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.63 
 
 		 461 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>