More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0310 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  75.85 
 
 		 471 aa  752    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  84.01 
 
 		 470 aa  844    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.65 
 
 		 473 aa  754    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.86 
 
 		 472 aa  756    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  77.75 
 
 		 469 aa  775    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  75.69 
 
 		 471 aa  755    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  76.65 
 
 		 473 aa  754    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  82.8 
 
 		 472 aa  817    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  79.53 
 
 		 468 aa  765    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.71 
 
 		 471 aa  761    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.71 
 
 		 471 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  83.93 
 
 		 475 aa  843    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  78.09 
 
 		 469 aa  769    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 470 aa  965    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  77.56 
 
 		 471 aa  766    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  76.43 
 
 		 472 aa  753    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  42.01 
 
 		 445 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  42.73 
 
 		 436 aa  375  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  40.04 
 
 		 437 aa  371  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  40.35 
 
 		 436 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  41.35 
 
 		 425 aa  364  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  42.11 
 
 		 423 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  39.52 
 
 		 440 aa  352  5.9999999999999994e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.47 
 
 		 501 aa  350  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  41.26 
 
 		 430 aa  318  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.61 
 
 		 431 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.65 
 
 		 445 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.44 
 
 		 450 aa  298  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.22 
 
 		 450 aa  295  8e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38.12 
 
 		 450 aa  286  7e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.88 
 
 		 451 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.86 
 
 		 442 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.99 
 
 		 441 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.32 
 
 		 457 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  34.99 
 
 		 574 aa  264  3e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  34.76 
 
 		 574 aa  263  6e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.45 
 
 		 452 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.21 
 
 		 452 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.21 
 
 		 452 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.99 
 
 		 452 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.67 
 
 		 456 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.75 
 
 		 457 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.44 
 
 		 484 aa  234  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.52 
 
 		 466 aa  229  8e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.95 
 
 		 471 aa  228  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.6 
 
 		 607 aa  222  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.25 
 
 		 472 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.39 
 
 		 636 aa  220  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.79 
 
 		 658 aa  217  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.86 
 
 		 444 aa  217  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.72 
 
 		 484 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.81 
 
 		 609 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.71 
 
 		 491 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.93 
 
 		 450 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.25 
 
 		 633 aa  194  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.6 
 
 		 450 aa  192  8e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.98 
 
 		 440 aa  192  1e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.41 
 
 		 451 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  30.72 
 
 		 492 aa  188  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.23 
 
 		 456 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.7 
 
 		 472 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.29 
 
 		 443 aa  169  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.83 
 
 		 467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.63 
 
 		 476 aa  160  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.02 
 
 		 475 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.79 
 
 		 566 aa  157  6e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.13 
 
 		 519 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.06 
 
 		 524 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  26.86 
 
 		 559 aa  144  4e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.83 
 
 		 463 aa  141  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  23.56 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.34 
 
 		 489 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.18 
 
 		 522 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.38 
 
 		 456 aa  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.68 
 
 		 472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.84 
 
 		 455 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  23.4 
 
 		 438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.65 
 
 		 518 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.77 
 
 		 488 aa  127  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.88 
 
 		 487 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.77 
 
 		 497 aa  126  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  23.24 
 
 		 469 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.85 
 
 		 463 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.86 
 
 		 472 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.85 
 
 		 472 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.17 
 
 		 460 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.17 
 
 		 488 aa  123  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  23.13 
 
 		 461 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.89 
 
 		 464 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  24.31 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  24.55 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  25.06 
 
 		 456 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  25.06 
 
 		 452 aa  116  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.77 
 
 		 461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  23.28 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.76 
 
 		 464 aa  111  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.45 
 
 		 483 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.37 
 
 		 463 aa  106  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.69 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.33 
 
 		 553 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>