More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2577 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  73.19 
 
 		 490 aa  686    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  83.59 
 
 		 463 aa  789    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  87.39 
 
 		 460 aa  820    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  82.14 
 
 		 464 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 522 aa  1052    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  76.82 
 
 		 487 aa  707    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  72.91 
 
 		 461 aa  640    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  53.64 
 
 		 463 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  54.11 
 
 		 518 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  51.83 
 
 		 488 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  51.83 
 
 		 497 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  51.38 
 
 		 488 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  48.12 
 
 		 480 aa  434  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.66 
 
 		 478 aa  432  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  50.45 
 
 		 489 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.73 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  47.95 
 
 		 483 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.23 
 
 		 472 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.16 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  53.42 
 
 		 553 aa  385  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  47.74 
 
 		 438 aa  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.96 
 
 		 472 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  45.79 
 
 		 469 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.47 
 
 		 456 aa  331  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.72 
 
 		 461 aa  330  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.21 
 
 		 464 aa  327  4.0000000000000003e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.91 
 
 		 538 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  38.07 
 
 		 472 aa  302  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  40.65 
 
 		 452 aa  301  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  40.43 
 
 		 456 aa  300  6e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.61 
 
 		 455 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.96 
 
 		 497 aa  249  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.57 
 
 		 462 aa  235  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.98 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.71 
 
 		 494 aa  227  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.95 
 
 		 497 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.37 
 
 		 562 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.67 
 
 		 485 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.35 
 
 		 497 aa  210  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.47 
 
 		 428 aa  206  7e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34.24 
 
 		 466 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  33.03 
 
 		 456 aa  203  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.2 
 
 		 465 aa  203  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.01 
 
 		 466 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.26 
 
 		 462 aa  202  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.64 
 
 		 477 aa  190  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.48 
 
 		 492 aa  181  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.82 
 
 		 405 aa  179  1e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.18 
 
 		 460 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.49 
 
 		 464 aa  170  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.87 
 
 		 473 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.88 
 
 		 538 aa  154  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.85 
 
 		 449 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.05 
 
 		 446 aa  152  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  26.6 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  26.17 
 
 		 423 aa  147  5e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.95 
 
 		 524 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.75 
 
 		 444 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.88 
 
 		 442 aa  136  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  24.83 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.07 
 
 		 519 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.14 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.73 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.28 
 
 		 473 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.28 
 
 		 473 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.29 
 
 		 484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.39 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.5 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.32 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.32 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.27 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.18 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  25 
 
 		 436 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.27 
 
 		 471 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  24.29 
 
 		 436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.72 
 
 		 470 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.73 
 
 		 456 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.62 
 
 		 455 aa  127  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  24.26 
 
 		 469 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.51 
 
 		 468 aa  127  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.55 
 
 		 501 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.32 
 
 		 475 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.32 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.48 
 
 		 445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  23.3 
 
 		 423 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.12 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.09 
 
 		 431 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.42 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.8 
 
 		 472 aa  117  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  23.97 
 
 		 430 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  23.68 
 
 		 425 aa  116  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  22.72 
 
 		 437 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.9 
 
 		 450 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.42 
 
 		 633 aa  113  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.13 
 
 		 609 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.89 
 
 		 440 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.82 
 
 		 450 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  25.11 
 
 		 441 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.85 
 
 		 484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.61 
 
 		 456 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>