More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3558 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  74.66 
 
 		 438 aa  669    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 472 aa  937    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  77.9 
 
 		 469 aa  715    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  89.38 
 
 		 472 aa  851    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  80.51 
 
 		 472 aa  758    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  49.55 
 
 		 490 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.02 
 
 		 460 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.16 
 
 		 522 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.73 
 
 		 464 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  47.51 
 
 		 463 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.3 
 
 		 487 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  47.5 
 
 		 461 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.65 
 
 		 463 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.54 
 
 		 480 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.85 
 
 		 518 aa  346  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.47 
 
 		 478 aa  345  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.01 
 
 		 489 aa  344  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.45 
 
 		 463 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.34 
 
 		 497 aa  330  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.34 
 
 		 488 aa  330  4e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.48 
 
 		 488 aa  322  6e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.76 
 
 		 483 aa  320  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.19 
 
 		 464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.91 
 
 		 456 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.36 
 
 		 553 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.42 
 
 		 455 aa  302  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.34 
 
 		 461 aa  293  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  42.01 
 
 		 452 aa  285  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  40.65 
 
 		 456 aa  284  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  37.95 
 
 		 472 aa  274  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.78 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.22 
 
 		 428 aa  211  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.95 
 
 		 497 aa  211  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.09 
 
 		 462 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.25 
 
 		 497 aa  194  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.51 
 
 		 485 aa  192  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.04 
 
 		 405 aa  192  1e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.98 
 
 		 494 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.33 
 
 		 497 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  33.85 
 
 		 466 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.85 
 
 		 466 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.88 
 
 		 462 aa  177  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  32.89 
 
 		 456 aa  173  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.93 
 
 		 517 aa  170  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.71 
 
 		 465 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.35 
 
 		 562 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.72 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.84 
 
 		 473 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  28.05 
 
 		 423 aa  142  9e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.1 
 
 		 538 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.77 
 
 		 492 aa  141  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.58 
 
 		 444 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.74 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.7 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  26.86 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  24.8 
 
 		 471 aa  133  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.93 
 
 		 460 aa  133  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.29 
 
 		 473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.29 
 
 		 473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.24 
 
 		 470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.29 
 
 		 472 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.08 
 
 		 472 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  28.21 
 
 		 432 aa  130  6e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.17 
 
 		 472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.69 
 
 		 471 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.18 
 
 		 471 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.46 
 
 		 442 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.17 
 
 		 501 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.18 
 
 		 471 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.18 
 
 		 471 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.18 
 
 		 431 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.86 
 
 		 470 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.18 
 
 		 445 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.44 
 
 		 469 aa  123  9e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.92 
 
 		 449 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.12 
 
 		 475 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.25 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  24.71 
 
 		 440 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.25 
 
 		 456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.58 
 
 		 441 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.6 
 
 		 450 aa  113  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.9 
 
 		 524 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.34 
 
 		 468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.56 
 
 		 466 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.86 
 
 		 519 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.83 
 
 		 475 aa  110  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.6 
 
 		 471 aa  109  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  22.99 
 
 		 437 aa  109  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.71 
 
 		 459 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.52 
 
 		 491 aa  106  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.18 
 
 		 484 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  23.99 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.41 
 
 		 450 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.39 
 
 		 445 aa  104  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  24.22 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.97 
 
 		 430 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  23.7 
 
 		 436 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  23.78 
 
 		 436 aa  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.58 
 
 		 452 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  24.31 
 
 		 574 aa  100  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>