More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3004 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  78.48 
 
 
472 aa  719    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  100 
 
 
469 aa  929    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  77.9 
 
 
472 aa  715    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  77.63 
 
 
472 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  74.08 
 
 
438 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  47.23 
 
 
490 aa  382  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  46.27 
 
 
463 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.16 
 
 
460 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.92 
 
 
464 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.79 
 
 
522 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  45.74 
 
 
487 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  45.45 
 
 
461 aa  362  9e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.01 
 
 
463 aa  360  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  42.98 
 
 
489 aa  352  7e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  46.1 
 
 
518 aa  351  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.32 
 
 
463 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.57 
 
 
478 aa  347  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.3 
 
 
480 aa  344  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  44.34 
 
 
488 aa  327  3e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  44.34 
 
 
497 aa  327  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.58 
 
 
456 aa  322  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.27 
 
 
483 aa  321  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  43.71 
 
 
488 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.15 
 
 
464 aa  318  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.14 
 
 
461 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.09 
 
 
553 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.37 
 
 
455 aa  290  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  38.19 
 
 
472 aa  276  5e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  39.42 
 
 
452 aa  266  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  39.42 
 
 
456 aa  265  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  38 
 
 
538 aa  256  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.79 
 
 
428 aa  218  2e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.06 
 
 
497 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.84 
 
 
562 aa  194  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.95 
 
 
405 aa  192  8e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.48 
 
 
485 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  36 
 
 
462 aa  190  5.999999999999999e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  34.21 
 
 
466 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.14 
 
 
466 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.86 
 
 
465 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.64 
 
 
497 aa  177  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.18 
 
 
497 aa  177  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 
494 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.62 
 
 
477 aa  169  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  31.75 
 
 
456 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.1 
 
 
517 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.87 
 
 
462 aa  163  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.07 
 
 
473 aa  153  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.11 
 
 
464 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.4 
 
 
460 aa  149  8e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.21 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.95 
 
 
538 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  27.64 
 
 
423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.64 
 
 
472 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.22 
 
 
469 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.46 
 
 
446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.72 
 
 
470 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.16 
 
 
444 aa  128  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  26.3 
 
 
432 aa  127  5e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.24 
 
 
470 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.98 
 
 
449 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  22.86 
 
 
471 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.48 
 
 
431 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.86 
 
 
471 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.86 
 
 
471 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  22.99 
 
 
469 aa  119  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.77 
 
 
524 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.75 
 
 
519 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.01 
 
 
471 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.67 
 
 
472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.1 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.39 
 
 
473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.39 
 
 
473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.01 
 
 
471 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.25 
 
 
472 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.44 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.19 
 
 
468 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.88 
 
 
442 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.49 
 
 
450 aa  109  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  23.23 
 
 
440 aa  108  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.48 
 
 
475 aa  108  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.41 
 
 
494 aa  105  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.33 
 
 
445 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.98 
 
 
459 aa  105  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  26 
 
 
471 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  23.05 
 
 
425 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.06 
 
 
466 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.23 
 
 
457 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.1 
 
 
476 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.28 
 
 
450 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  21.52 
 
 
445 aa  102  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  25.43 
 
 
430 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.23 
 
 
456 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.45 
 
 
450 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.06 
 
 
437 aa  100  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.47 
 
 
451 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  23.84 
 
 
436 aa  99.4  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.17 
 
 
441 aa  97.8  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.29 
 
 
484 aa  97.4  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  22.51 
 
 
436 aa  97.1  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>