More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2558 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 		 452 aa  925    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  94.8 
 
 		 442 aa  866    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  98.19 
 
 		 442 aa  889    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  38.04 
 
 		 437 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1282  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.04 
 
 		 465 aa  252  9.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.53 
 
 		 459 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3159  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.14 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334096  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.73 
 
 		 489 aa  234  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.32 
 
 		 441 aa  233  6e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3328  ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 		 456 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262756  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.7 
 
 		 434 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2682  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.62 
 
 		 451 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.829421  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1726  secretion protein  37.47 
 
 		 451 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.379002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20050  putative outer membrane protein  37.5 
 
 		 451 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.7908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.16 
 
 		 450 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.04 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.68 
 
 		 456 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1557  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.85 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2905  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.57 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.71 
 
 		 480 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4144  alkaline protease secretion protein AprF  34.76 
 
 		 477 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0485622  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.41 
 
 		 451 aa  212  9e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48090  alkaline protease secretion outer membrane protein AprF precursor  34.01 
 
 		 481 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0152412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2109  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.76 
 
 		 466 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  36.59 
 
 		 451 aa  209  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.33 
 
 		 468 aa  207  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.53 
 
 		 446 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.93 
 
 		 446 aa  203  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  32.04 
 
 		 493 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.52 
 
 		 512 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.79 
 
 		 443 aa  197  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.08 
 
 		 445 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.17 
 
 		 405 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.18 
 
 		 442 aa  196  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.17 
 
 		 461 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.75 
 
 		 491 aa  194  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.88 
 
 		 497 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.87 
 
 		 469 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2203  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.5 
 
 		 441 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.917815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  33.42 
 
 		 440 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  30.82 
 
 		 484 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.87 
 
 		 455 aa  184  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.52 
 
 		 478 aa  182  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.89 
 
 		 447 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.3 
 
 		 488 aa  182  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.05 
 
 		 446 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2616  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.95 
 
 		 450 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.930678  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.8 
 
 		 494 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.62 
 
 		 498 aa  172  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  33.43 
 
 		 444 aa  172  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  30.67 
 
 		 482 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4181  outer membrane channel protein  30.7 
 
 		 449 aa  170  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  29.75 
 
 		 434 aa  170  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  30.13 
 
 		 435 aa  169  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  30.68 
 
 		 435 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  30.68 
 
 		 435 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  30.28 
 
 		 462 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.31 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  29.8 
 
 		 454 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  29.25 
 
 		 435 aa  168  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.98 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.23 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  29.93 
 
 		 481 aa  167  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  28.7 
 
 		 442 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  28.7 
 
 		 435 aa  164  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  30.42 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  30.42 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  30.42 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  30.42 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2830  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.44 
 
 		 455 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0538261  hitchhiker  0.00247347 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.58 
 
 		 539 aa  161  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  27.42 
 
 		 445 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  30.5 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.31 
 
 		 452 aa  160  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  28.67 
 
 		 441 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  28.79 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.88 
 
 		 484 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  29.35 
 
 		 443 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  29.93 
 
 		 438 aa  158  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.55 
 
 		 453 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0056  porin (omp) ABC transporter protein  30 
 
 		 460 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  30.37 
 
 		 441 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  29 
 
 		 497 aa  156  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.06 
 
 		 480 aa  156  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  31.7 
 
 		 432 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000973822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  31.49 
 
 		 431 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0682  Outer membrane protein-like  27.61 
 
 		 443 aa  153  7e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.111346  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.03 
 
 		 436 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.86 
 
 		 477 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  27.56 
 
 		 494 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.35 
 
 		 477 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2180  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.25 
 
 		 874 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000461522  normal  0.954774 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0729  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.57 
 
 		 444 aa  149  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000668163 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0575  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.57 
 
 		 444 aa  149  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.08 
 
 		 477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3077  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.93 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.762548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.75 
 
 		 477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  28.1 
 
 		 479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  27.88 
 
 		 489 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  27.43 
 
 		 489 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>