More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1929 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2236  methylmalonyl-CoA mutase  66.88 
 
 		 639 aa  768    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3536  methylmalonyl-CoA mutase  81.38 
 
 		 623 aa  967    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0287465  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1762  methylmalonyl-CoA mutase  72.3 
 
 		 621 aa  855    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1929  methylmalonyl-CoA mutase  100 
 
 		 623 aa  1241    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.102484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2636  methylmalonyl-CoA mutase  70.48 
 
 		 629 aa  808    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.668897  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2041  Methylmalonyl-CoA mutase  82.02 
 
 		 623 aa  977    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3023  methylmalonyl-CoA mutase small subunit (MCM-beta)  66.51 
 
 		 621 aa  792    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5425  methylmalonyl-CoA mutase  52.61 
 
 		 612 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.559772  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0217  methylmalonyl-CoA mutase  52.94 
 
 		 611 aa  522  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3135  methylmalonyl-CoA mutase  50.49 
 
 		 629 aa  513  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2665  Methylmalonyl-CoA mutase  53.58 
 
 		 605 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2388  methylmalonyl-CoA mutase  53.75 
 
 		 605 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.55342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2345  Methylmalonyl-CoA mutase  52.44 
 
 		 605 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4729  methylmalonyl-CoA mutase  48.11 
 
 		 610 aa  442  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2200  methylmalonyl-CoA mutase  45.38 
 
 		 624 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.53913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3785  Methylmalonyl-CoA mutase  44.74 
 
 		 621 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.546238 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2761  methylmalonyl-CoA mutase  42.95 
 
 		 630 aa  390  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.257221  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2480  methylmalonyl-CoA mutase  40.68 
 
 		 698 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2506  Methylmalonyl-CoA mutase  40.5 
 
 		 614 aa  372  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000082079  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1943  methylmalonyl-CoA mutase  40.27 
 
 		 653 aa  357  2.9999999999999997e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.133903 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3006  methylmalonyl-CoA mutase  40.85 
 
 		 660 aa  338  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.84067  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6419  Methylmalonyl-CoA mutase  39.41 
 
 		 593 aa  329  8e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05670  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  40.5 
 
 		 622 aa  322  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0857  methylmalonyl-CoA mutase  44.79 
 
 		 479 aa  321  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315986  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5544  Methylmalonyl-CoA mutase  40.16 
 
 		 644 aa  316  9.999999999999999e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.11647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4374  Methylmalonyl-CoA mutase  36.69 
 
 		 640 aa  315  9.999999999999999e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1921  methylmalonyl-CoA mutase  40.93 
 
 		 601 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00796016  normal  0.671948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3187  Methylmalonyl-CoA mutase  37.19 
 
 		 633 aa  304  3.0000000000000004e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800977  normal  0.217414 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3123  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  36.29 
 
 		 615 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.987709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3184  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  36.29 
 
 		 615 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.170851 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3134  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.98 
 
 		 615 aa  280  6e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1984  Methylmalonyl-CoA mutase  32.12 
 
 		 684 aa  275  1.0000000000000001e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611894  normal  0.0597183 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0544  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.85 
 
 		 723 aa  272  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2295  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.32 
 
 		 681 aa  265  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3871  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  31.56 
 
 		 720 aa  260  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.949138  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0278  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.91 
 
 		 682 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3629  methylmalonyl-CoA mutase  40.21 
 
 		 489 aa  253  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1656  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  32.55 
 
 		 618 aa  250  4e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.50388 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1348  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.72 
 
 		 713 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000457861  unclonable  0.00000004793 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11522  methylmalonyl-CoA mutase small subunit mutA  36.36 
 
 		 623 aa  239  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.384078 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3650  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  36.99 
 
 		 620 aa  226  7e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2762  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.37 
 
 		 626 aa  226  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0864334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2419  Methylmalonyl-CoA mutase  36.44 
 
 		 652 aa  225  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.751014  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2104  Methylmalonyl-CoA mutase  37.91 
 
 		 597 aa  217  5.9999999999999996e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1285  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  27.53 
 
 		 727 aa  210  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.238431  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5167  Methylmalonyl-CoA mutase  36.89 
 
 		 600 aa  206  9e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22180  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  31.42 
 
 		 710 aa  199  2.0000000000000003e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0921601  normal  0.211635 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3545  methylmalonyl-CoA mutase  34.39 
 
 		 569 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1168  Methylmalonyl-CoA mutase  27.01 
 
 		 591 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.648096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0869  Methylmalonyl-CoA mutase  28.55 
 
 		 604 aa  170  6e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1120  methylmalonyl-CoA mutase  34.22 
 
 		 480 aa  168  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.170859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3367  methylmalonyl-CoA mutase  28.35 
 
 		 709 aa  162  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  27.97 
 
 		 714 aa  161  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  28.87 
 
 		 709 aa  161  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  28.87 
 
 		 709 aa  160  6e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1291  methylmalonyl-CoA mutase  27.9 
 
 		 588 aa  159  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  28.24 
 
 		 709 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3305  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  34.35 
 
 		 706 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.457427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  27.48 
 
 		 718 aa  154  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2891  methylmalonyl-CoA mutase  26.97 
 
 		 716 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07140  methylmalonyl-COA mutase small subunit  26.92 
 
 		 448 aa  154  7e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0013  methylmalonyl-CoA mutase  26.73 
 
 		 453 aa  152  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.431519  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  26.74 
 
 		 712 aa  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  28.23 
 
 		 714 aa  151  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1165  methylmalonyl-CoA mutase  28.99 
 
 		 589 aa  150  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  26.59 
 
 		 715 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5687  methylmalonyl-CoA mutase  28.21 
 
 		 712 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  27.33 
 
 		 720 aa  148  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 714 aa  148  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 714 aa  148  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  28.34 
 
 		 722 aa  148  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 714 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.35 
 
 		 714 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  28.3 
 
 		 722 aa  147  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 714 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  26.35 
 
 		 714 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 714 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1865  methylmalonyl-CoA mutase  27.71 
 
 		 661 aa  147  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  26.14 
 
 		 714 aa  147  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0811  methylmalonyl-CoA mutase  25.36 
 
 		 714 aa  146  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.251875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  27.31 
 
 		 719 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  28.73 
 
 		 712 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  26.67 
 
 		 714 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  27.33 
 
 		 712 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  26.91 
 
 		 723 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  28 
 
 		 731 aa  144  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  26.54 
 
 		 720 aa  144  6e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  26.8 
 
 		 719 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  26.17 
 
 		 738 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  26.54 
 
 		 720 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3486  methylmalonyl-CoA mutase  26.48 
 
 		 721 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  26.79 
 
 		 716 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0910  methylmalonyl-CoA mutase  27.07 
 
 		 739 aa  140  4.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.736612  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  27.85 
 
 		 712 aa  140  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0079  methylmalonyl-CoA mutase  26.23 
 
 		 706 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.373309  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  26.98 
 
 		 718 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6640  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  27.12 
 
 		 724 aa  139  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.70273 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3260  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.15 
 
 		 713 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0932  methylmalonyl-CoA mutase  27.39 
 
 		 724 aa  138  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  26.41 
 
 		 720 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>