More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3536 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2236  methylmalonyl-CoA mutase  65.74 
 
 		 639 aa  752    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3536  methylmalonyl-CoA mutase  100 
 
 		 623 aa  1233    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0287465  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1762  methylmalonyl-CoA mutase  71.82 
 
 		 621 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1929  methylmalonyl-CoA mutase  81.38 
 
 		 623 aa  990    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.102484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2636  methylmalonyl-CoA mutase  69.19 
 
 		 629 aa  787    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.668897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3023  methylmalonyl-CoA mutase small subunit (MCM-beta)  66.34 
 
 		 621 aa  769    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2041  Methylmalonyl-CoA mutase  78.65 
 
 		 623 aa  928    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5425  methylmalonyl-CoA mutase  53.91 
 
 		 612 aa  535  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.559772  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3135  methylmalonyl-CoA mutase  52.05 
 
 		 629 aa  525  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0217  methylmalonyl-CoA mutase  54.07 
 
 		 611 aa  508  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2665  Methylmalonyl-CoA mutase  52.99 
 
 		 605 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2388  methylmalonyl-CoA mutase  52.83 
 
 		 605 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.55342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2345  Methylmalonyl-CoA mutase  51.36 
 
 		 605 aa  480  1e-134  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4729  methylmalonyl-CoA mutase  49.03 
 
 		 610 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2200  methylmalonyl-CoA mutase  46.04 
 
 		 624 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.53913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3785  Methylmalonyl-CoA mutase  44.57 
 
 		 621 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.546238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2480  methylmalonyl-CoA mutase  39.53 
 
 		 698 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2761  methylmalonyl-CoA mutase  42.16 
 
 		 630 aa  375  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.257221  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2506  Methylmalonyl-CoA mutase  41.78 
 
 		 614 aa  364  3e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000082079  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1943  methylmalonyl-CoA mutase  39.63 
 
 		 653 aa  333  7.000000000000001e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.133903 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05670  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  39.84 
 
 		 622 aa  321  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3006  methylmalonyl-CoA mutase  39.79 
 
 		 660 aa  317  5e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.84067  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0857  methylmalonyl-CoA mutase  44.98 
 
 		 479 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315986  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3187  Methylmalonyl-CoA mutase  38.47 
 
 		 633 aa  310  5e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800977  normal  0.217414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4374  Methylmalonyl-CoA mutase  37.96 
 
 		 640 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6419  Methylmalonyl-CoA mutase  39 
 
 		 593 aa  301  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5544  Methylmalonyl-CoA mutase  40.48 
 
 		 644 aa  299  8e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.11647  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1921  methylmalonyl-CoA mutase  41.14 
 
 		 601 aa  296  6e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00796016  normal  0.671948 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1984  Methylmalonyl-CoA mutase  32.53 
 
 		 684 aa  275  2.0000000000000002e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611894  normal  0.0597183 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1348  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.56 
 
 		 713 aa  266  8e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000457861  unclonable  0.00000004793 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2295  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.79 
 
 		 681 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3123  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  35.24 
 
 		 615 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.987709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3184  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.24 
 
 		 615 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.170851 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3134  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.09 
 
 		 615 aa  252  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3629  methylmalonyl-CoA mutase  38.32 
 
 		 489 aa  243  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1656  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  31.38 
 
 		 618 aa  241  2e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.50388 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0278  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.57 
 
 		 682 aa  232  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11522  methylmalonyl-CoA mutase small subunit mutA  36.5 
 
 		 623 aa  228  2e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.384078 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2419  Methylmalonyl-CoA mutase  34.77 
 
 		 652 aa  223  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.751014  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2104  Methylmalonyl-CoA mutase  39.62 
 
 		 597 aa  221  3.9999999999999997e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3650  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.06 
 
 		 620 aa  221  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0544  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  35.55 
 
 		 723 aa  209  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2762  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  34.47 
 
 		 626 aa  209  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0864334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1285  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.47 
 
 		 727 aa  207  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.238431  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22180  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  32 
 
 		 710 aa  206  1e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0921601  normal  0.211635 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5167  Methylmalonyl-CoA mutase  38.5 
 
 		 600 aa  204  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3871  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  34.08 
 
 		 720 aa  197  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.949138  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3545  methylmalonyl-CoA mutase  40.44 
 
 		 569 aa  182  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1168  Methylmalonyl-CoA mutase  28.05 
 
 		 591 aa  179  9e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.648096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0869  Methylmalonyl-CoA mutase  29.21 
 
 		 604 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1291  methylmalonyl-CoA mutase  29.33 
 
 		 588 aa  171  5e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1120  methylmalonyl-CoA mutase  34.8 
 
 		 480 aa  171  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.170859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  28.42 
 
 		 709 aa  156  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  28.63 
 
 		 709 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  28.42 
 
 		 709 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  26.79 
 
 		 712 aa  150  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3367  methylmalonyl-CoA mutase  27.67 
 
 		 709 aa  150  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2891  methylmalonyl-CoA mutase  26.64 
 
 		 716 aa  150  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  27.39 
 
 		 714 aa  150  8e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  27.25 
 
 		 715 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1165  methylmalonyl-CoA mutase  29.4 
 
 		 589 aa  148  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3305  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  33.62 
 
 		 706 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.457427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0013  methylmalonyl-CoA mutase  26.89 
 
 		 453 aa  145  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.431519  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0811  methylmalonyl-CoA mutase  26.23 
 
 		 714 aa  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.251875  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  26.95 
 
 		 718 aa  144  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07140  methylmalonyl-COA mutase small subunit  27.8 
 
 		 448 aa  144  6e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  27.82 
 
 		 712 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1222  methylmalonyl-CoA mutase N-terminal domain-containing protein  27.14 
 
 		 597 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5687  methylmalonyl-CoA mutase  27.73 
 
 		 712 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1865  methylmalonyl-CoA mutase  27.29 
 
 		 661 aa  141  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  26.68 
 
 		 720 aa  141  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  27.35 
 
 		 714 aa  140  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  26.03 
 
 		 738 aa  140  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  25.57 
 
 		 720 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  27.43 
 
 		 712 aa  139  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3260  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.56 
 
 		 713 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  26.25 
 
 		 719 aa  138  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  26.48 
 
 		 722 aa  137  6.0000000000000005e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6136  methylmalonyl-CoA mutase  26.4 
 
 		 717 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0179109  normal  0.120378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  26.45 
 
 		 722 aa  137  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  26.97 
 
 		 731 aa  136  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  25.83 
 
 		 723 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  26.39 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4237  methylmalonyl-CoA mutase  26.42 
 
 		 712 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6641  Methylmalonyl-CoA mutase  36.2 
 
 		 448 aa  135  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.958159 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  25.76 
 
 		 718 aa  135  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0079  methylmalonyl-CoA mutase  25 
 
 		 706 aa  135  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.373309  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  26.32 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  26.32 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  26.32 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  26.32 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  27.1 
 
 		 712 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  26.32 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.32 
 
 		 714 aa  134  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  26.32 
 
 		 714 aa  134  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  26.11 
 
 		 714 aa  133  7.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  25.6 
 
 		 719 aa  133  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  25.6 
 
 		 720 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  31.87 
 
 		 716 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  25.6 
 
 		 720 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>