298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_07140 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_07140  methylmalonyl-COA mutase small subunit  100 
 
 		 448 aa  923    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0013  methylmalonyl-CoA mutase  57.05 
 
 		 453 aa  512  1e-144  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.431519  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1656  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  30.66 
 
 		 618 aa  207  3e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.50388 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1168  Methylmalonyl-CoA mutase  28.47 
 
 		 591 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.648096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2295  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.15 
 
 		 681 aa  156  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1929  methylmalonyl-CoA mutase  27.46 
 
 		 623 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.102484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6641  Methylmalonyl-CoA mutase  28.3 
 
 		 448 aa  153  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.958159 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0869  Methylmalonyl-CoA mutase  27.45 
 
 		 604 aa  149  9e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1762  methylmalonyl-CoA mutase  28.01 
 
 		 621 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223035 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2388  methylmalonyl-CoA mutase  28.09 
 
 		 605 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.55342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2665  Methylmalonyl-CoA mutase  27.67 
 
 		 605 aa  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1222  methylmalonyl-CoA mutase N-terminal domain-containing protein  28.1 
 
 		 597 aa  144  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1165  methylmalonyl-CoA mutase  24.7 
 
 		 589 aa  143  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0278  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.29 
 
 		 682 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2041  Methylmalonyl-CoA mutase  26.79 
 
 		 623 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  32.89 
 
 		 712 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  35.9 
 
 		 714 aa  136  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1984  Methylmalonyl-CoA mutase  26 
 
 		 684 aa  135  9.999999999999999e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611894  normal  0.0597183 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  32.53 
 
 		 714 aa  134  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3871  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  24.63 
 
 		 720 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.949138  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1291  methylmalonyl-CoA mutase  26.64 
 
 		 588 aa  133  7.999999999999999e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4237  methylmalonyl-CoA mutase  31.4 
 
 		 712 aa  133  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  31.88 
 
 		 718 aa  132  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  31.4 
 
 		 709 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2345  Methylmalonyl-CoA mutase  26.16 
 
 		 605 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  31.4 
 
 		 709 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3006  methylmalonyl-CoA mutase  25.82 
 
 		 660 aa  132  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.84067  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  27.06 
 
 		 712 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  31.06 
 
 		 709 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1348  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  24.47 
 
 		 713 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000457861  unclonable  0.00000004793 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6136  methylmalonyl-CoA mutase  30.14 
 
 		 717 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0179109  normal  0.120378 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5687  methylmalonyl-CoA mutase  30.48 
 
 		 712 aa  130  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0544  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  24.36 
 
 		 723 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3023  methylmalonyl-CoA mutase small subunit (MCM-beta)  26.31 
 
 		 621 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2506  Methylmalonyl-CoA mutase  24.78 
 
 		 614 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000082079  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2236  methylmalonyl-CoA mutase  23.82 
 
 		 639 aa  125  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  30.14 
 
 		 719 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  29.67 
 
 		 731 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  29.79 
 
 		 712 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3536  methylmalonyl-CoA mutase  27.8 
 
 		 623 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0287465  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2636  methylmalonyl-CoA mutase  25.53 
 
 		 629 aa  124  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.668897  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1223  methylmalonyl-CoA mutase  34.6 
 
 		 712 aa  123  6e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  30.72 
 
 		 712 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3260  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  29.65 
 
 		 713 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0857  methylmalonyl-CoA mutase  25.9 
 
 		 479 aa  123  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  33.74 
 
 		 719 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3486  methylmalonyl-CoA mutase  30.03 
 
 		 721 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5425  methylmalonyl-CoA mutase  24.14 
 
 		 612 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.559772  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  32.64 
 
 		 714 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  29.79 
 
 		 720 aa  122  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  32.91 
 
 		 723 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1865  methylmalonyl-CoA mutase  32.48 
 
 		 661 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1285  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.58 
 
 		 727 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.238431  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1943  methylmalonyl-CoA mutase  30.39 
 
 		 653 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.133903 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  29.45 
 
 		 722 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  33.33 
 
 		 720 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3367  methylmalonyl-CoA mutase  32.05 
 
 		 709 aa  120  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  33.33 
 
 		 738 aa  120  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3629  methylmalonyl-CoA mutase  25.58 
 
 		 489 aa  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  28.77 
 
 		 718 aa  119  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  33.33 
 
 		 720 aa  119  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3785  Methylmalonyl-CoA mutase  30.77 
 
 		 621 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.546238 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5545  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.69 
 
 		 738 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2105  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.64 
 
 		 745 aa  118  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0811  methylmalonyl-CoA mutase  28.77 
 
 		 714 aa  117  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.251875  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  28.08 
 
 		 722 aa  116  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  32.05 
 
 		 720 aa  116  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0079  methylmalonyl-CoA mutase  31.62 
 
 		 706 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.373309  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  33.48 
 
 		 714 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  29.11 
 
 		 716 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  31.3 
 
 		 1106 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3305  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  31.91 
 
 		 706 aa  116  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.457427  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1920  methylmalonyl-CoA mutase large subunit  31.71 
 
 		 720 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0552222  normal  0.617547 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0910  methylmalonyl-CoA mutase  30.48 
 
 		 739 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.736612  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3005  methylmalonyl-CoA mutase  33.48 
 
 		 754 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.598546  normal  0.356991 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  31.85 
 
 		 714 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  31.85 
 
 		 714 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1921  methylmalonyl-CoA mutase  26.2 
 
 		 601 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00796016  normal  0.671948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  31.45 
 
 		 714 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0217  methylmalonyl-CoA mutase  24.37 
 
 		 611 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0932  methylmalonyl-CoA mutase  30.33 
 
 		 724 aa  114  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2200  methylmalonyl-CoA mutase  25.29 
 
 		 624 aa  113  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.53913 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07125  methylmalonyl-CoA mutase  32.19 
 
 		 707 aa  113  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6640  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.19 
 
 		 724 aa  113  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.70273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3021  methylmalonyl-CoA mutase  33.05 
 
 		 718 aa  113  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.954275 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3649  methylmalonyl-CoA mutase  33.61 
 
 		 752 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.808365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2480  methylmalonyl-CoA mutase  29.74 
 
 		 698 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1927  methylmalonyl-CoA mutase  32.19 
 
 		 719 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.273596  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4374  Methylmalonyl-CoA mutase  24.2 
 
 		 640 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  28.2 
 
 		 715 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4573  methylmalonyl-CoA mutase  31.47 
 
 		 720 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3188  Methylmalonyl-CoA mutase  31.51 
 
 		 725 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.36577  normal  0.670701 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1760  methylmalonyl-CoA mutase  31.76 
 
 		 718 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.226069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3538  methylmalonyl-CoA mutase  31.76 
 
 		 736 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.162308  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2638  methylmalonyl-CoA mutase  32.19 
 
 		 720 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>