More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1168 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1168  Methylmalonyl-CoA mutase  100 
 
 		 591 aa  1216    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.648096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0869  Methylmalonyl-CoA mutase  55.41 
 
 		 604 aa  636    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1165  methylmalonyl-CoA mutase  48.56 
 
 		 589 aa  570  1e-161  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1291  methylmalonyl-CoA mutase  50.17 
 
 		 588 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1222  methylmalonyl-CoA mutase N-terminal domain-containing protein  47.84 
 
 		 597 aa  538  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1656  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  29.44 
 
 		 618 aa  268  1e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.50388 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3871  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.39 
 
 		 720 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.949138  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2295  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  24.7 
 
 		 681 aa  203  8e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.3 
 
 		 1106 aa  199  9e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0278  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.23 
 
 		 682 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6641  Methylmalonyl-CoA mutase  31.04 
 
 		 448 aa  197  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.958159 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0013  methylmalonyl-CoA mutase  30.95 
 
 		 453 aa  192  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.431519  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2506  Methylmalonyl-CoA mutase  33.17 
 
 		 614 aa  192  2e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000082079  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1984  Methylmalonyl-CoA mutase  24.45 
 
 		 684 aa  187  5e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611894  normal  0.0597183 
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  27.97 
 
 		 712 aa  180  5.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2480  methylmalonyl-CoA mutase  25.11 
 
 		 698 aa  179  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  27.64 
 
 		 714 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4374  Methylmalonyl-CoA mutase  29.48 
 
 		 640 aa  176  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0544  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  27.33 
 
 		 723 aa  173  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07140  methylmalonyl-COA mutase small subunit  28.47 
 
 		 448 aa  173  7.999999999999999e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3023  methylmalonyl-CoA mutase small subunit (MCM-beta)  28.75 
 
 		 621 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4237  methylmalonyl-CoA mutase  26.89 
 
 		 712 aa  171  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2636  methylmalonyl-CoA mutase  28.5 
 
 		 629 aa  171  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.668897  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5687  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 712 aa  170  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5425  methylmalonyl-CoA mutase  27.76 
 
 		 612 aa  168  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.559772  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2761  methylmalonyl-CoA mutase  27.87 
 
 		 630 aa  167  6.9999999999999995e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.257221  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1943  methylmalonyl-CoA mutase  29.21 
 
 		 653 aa  163  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.133903 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2041  Methylmalonyl-CoA mutase  26.09 
 
 		 623 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2236  methylmalonyl-CoA mutase  28.19 
 
 		 639 aa  162  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3536  methylmalonyl-CoA mutase  27.5 
 
 		 623 aa  163  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0287465  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0875  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.52 
 
 		 1081 aa  162  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.036821 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2345  Methylmalonyl-CoA mutase  27.64 
 
 		 605 aa  161  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1285  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  34.52 
 
 		 727 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.238431  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  26.61 
 
 		 712 aa  160  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6136  methylmalonyl-CoA mutase  27.67 
 
 		 717 aa  160  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0179109  normal  0.120378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1929  methylmalonyl-CoA mutase  27.04 
 
 		 623 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.102484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1762  methylmalonyl-CoA mutase  26.27 
 
 		 621 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223035 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  26.14 
 
 		 715 aa  157  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  27.23 
 
 		 712 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2665  Methylmalonyl-CoA mutase  28.13 
 
 		 605 aa  157  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0079  methylmalonyl-CoA mutase  25.93 
 
 		 706 aa  156  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.373309  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5544  Methylmalonyl-CoA mutase  26.76 
 
 		 644 aa  156  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.11647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0811  methylmalonyl-CoA mutase  26 
 
 		 714 aa  155  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.251875  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1348  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  33.98 
 
 		 713 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000457861  unclonable  0.00000004793 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  27.33 
 
 		 712 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3367  methylmalonyl-CoA mutase  25.93 
 
 		 709 aa  154  5e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  25.94 
 
 		 714 aa  154  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  25.99 
 
 		 714 aa  153  8.999999999999999e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  25.94 
 
 		 709 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  25.94 
 
 		 709 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2891  methylmalonyl-CoA mutase  30.86 
 
 		 716 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  30.92 
 
 		 714 aa  150  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  30.92 
 
 		 714 aa  150  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  30.92 
 
 		 714 aa  150  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  30.92 
 
 		 714 aa  150  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  30.92 
 
 		 714 aa  150  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  30.92 
 
 		 714 aa  150  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  30.69 
 
 		 731 aa  150  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1657  methylmalonyl-CoA mutase  28.03 
 
 		 715 aa  150  8e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.387473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  30.53 
 
 		 714 aa  150  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  30.62 
 
 		 738 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.53 
 
 		 714 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1921  methylmalonyl-CoA mutase  28.57 
 
 		 601 aa  148  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00796016  normal  0.671948 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  25.49 
 
 		 709 aa  147  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3006  methylmalonyl-CoA mutase  25.56 
 
 		 660 aa  147  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.84067  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1865  methylmalonyl-CoA mutase  31.38 
 
 		 661 aa  147  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  30.56 
 
 		 718 aa  147  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6640  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.92 
 
 		 724 aa  147  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.70273 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0217  methylmalonyl-CoA mutase  26.68 
 
 		 611 aa  146  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2388  methylmalonyl-CoA mutase  26.84 
 
 		 605 aa  146  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.55342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  29.55 
 
 		 719 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  25.3 
 
 		 718 aa  145  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3135  methylmalonyl-CoA mutase  27.07 
 
 		 629 aa  145  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  30.71 
 
 		 722 aa  145  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5804  methylmalonyl-CoA mutase  29.69 
 
 		 972 aa  144  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.256305  normal  0.17905 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3305  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.79 
 
 		 706 aa  143  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.457427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3188  Methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 725 aa  143  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.36577  normal  0.670701 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5545  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  26.19 
 
 		 738 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  28.57 
 
 		 716 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  29.07 
 
 		 723 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  28.42 
 
 		 720 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3486  methylmalonyl-CoA mutase  31.67 
 
 		 721 aa  141  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3187  Methylmalonyl-CoA mutase  25.55 
 
 		 633 aa  141  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800977  normal  0.217414 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  29.28 
 
 		 720 aa  141  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  28.42 
 
 		 720 aa  142  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05670  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  29.13 
 
 		 622 aa  141  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1223  methylmalonyl-CoA mutase  31.25 
 
 		 712 aa  140  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2762  methylmalonyl-CoA mutase  24.74 
 
 		 740 aa  140  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  31.38 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2505  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  25.27 
 
 		 736 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000422516  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3785  Methylmalonyl-CoA mutase  28.1 
 
 		 621 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.546238 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6418  methylmalonyl-CoA mutase  26.08 
 
 		 729 aa  139  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  28.91 
 
 		 720 aa  139  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3134  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  28.33 
 
 		 615 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1760  methylmalonyl-CoA mutase  28.88 
 
 		 718 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.226069 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3123  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  28.33 
 
 		 615 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.987709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3184  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  28.33 
 
 		 615 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.170851 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  27.27 
 
 		 719 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1944  methylmalonyl-CoA mutase  27.66 
 
 		 740 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.132442 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22170  methylmalonyl-CoA mutase  26.04 
 
 		 754 aa  137  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.366718  normal  0.398515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>