More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1762 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2236  methylmalonyl-CoA mutase  67.37 
 
 		 639 aa  772    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3023  methylmalonyl-CoA mutase small subunit (MCM-beta)  69.73 
 
 		 621 aa  822    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.577425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2041  Methylmalonyl-CoA mutase  72.95 
 
 		 623 aa  864    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3536  methylmalonyl-CoA mutase  71.82 
 
 		 623 aa  840    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0287465  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1762  methylmalonyl-CoA mutase  100 
 
 		 621 aa  1244    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1929  methylmalonyl-CoA mutase  72.3 
 
 		 623 aa  867    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.102484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2636  methylmalonyl-CoA mutase  72.31 
 
 		 629 aa  836    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.668897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5425  methylmalonyl-CoA mutase  51.88 
 
 		 612 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.559772  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0217  methylmalonyl-CoA mutase  53.67 
 
 		 611 aa  511  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3135  methylmalonyl-CoA mutase  49.84 
 
 		 629 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2345  Methylmalonyl-CoA mutase  52.82 
 
 		 605 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2665  Methylmalonyl-CoA mutase  52.19 
 
 		 605 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2388  methylmalonyl-CoA mutase  52.01 
 
 		 605 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.55342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4729  methylmalonyl-CoA mutase  49.42 
 
 		 610 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2200  methylmalonyl-CoA mutase  46.39 
 
 		 624 aa  439  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.53913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3785  Methylmalonyl-CoA mutase  44.96 
 
 		 621 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.546238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2480  methylmalonyl-CoA mutase  41.63 
 
 		 698 aa  399  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2761  methylmalonyl-CoA mutase  43.04 
 
 		 630 aa  377  1e-103  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.257221  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2506  Methylmalonyl-CoA mutase  41.54 
 
 		 614 aa  365  1e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000082079  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1943  methylmalonyl-CoA mutase  40 
 
 		 653 aa  338  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.133903 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3006  methylmalonyl-CoA mutase  39.82 
 
 		 660 aa  326  1e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.84067  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05670  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  40.6 
 
 		 622 aa  325  2e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0857  methylmalonyl-CoA mutase  43.04 
 
 		 479 aa  323  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315986  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5544  Methylmalonyl-CoA mutase  39.27 
 
 		 644 aa  313  9e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.11647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4374  Methylmalonyl-CoA mutase  37.37 
 
 		 640 aa  310  4e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6419  Methylmalonyl-CoA mutase  39.12 
 
 		 593 aa  298  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1921  methylmalonyl-CoA mutase  40.54 
 
 		 601 aa  293  8e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00796016  normal  0.671948 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3187  Methylmalonyl-CoA mutase  44.66 
 
 		 633 aa  275  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.800977  normal  0.217414 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2295  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  29.6 
 
 		 681 aa  270  7e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1984  Methylmalonyl-CoA mutase  31.51 
 
 		 684 aa  259  7e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.611894  normal  0.0597183 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3123  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  35.43 
 
 		 615 aa  257  4e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.987709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3184  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.43 
 
 		 615 aa  257  4e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.170851 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3134  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.12 
 
 		 615 aa  256  9e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3629  methylmalonyl-CoA mutase  39.96 
 
 		 489 aa  254  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0278  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  29.91 
 
 		 682 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1656  methylmalonyl-CoA mutase, small subunit  31.85 
 
 		 618 aa  241  2e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.50388 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11522  methylmalonyl-CoA mutase small subunit mutA  37.02 
 
 		 623 aa  240  5e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.384078 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3650  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  35.99 
 
 		 620 aa  236  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2762  methylmalonyl-CoA mutase, beta subunit  36.29 
 
 		 626 aa  234  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0864334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1348  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  30.89 
 
 		 713 aa  234  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000457861  unclonable  0.00000004793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2419  Methylmalonyl-CoA mutase  36.87 
 
 		 652 aa  231  4e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.751014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3871  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  29.72 
 
 		 720 aa  230  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.949138  normal  0.194963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0544  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  36.1 
 
 		 723 aa  223  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3545  methylmalonyl-CoA mutase  37.17 
 
 		 569 aa  219  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2104  Methylmalonyl-CoA mutase  33.23 
 
 		 597 aa  217  4e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1285  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  28.49 
 
 		 727 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.238431  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5167  Methylmalonyl-CoA mutase  36.88 
 
 		 600 aa  197  7e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3305  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  33.14 
 
 		 706 aa  192  1e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.457427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22180  methylmalonyl-CoA mutase, N-terminal domain/subunit  31.2 
 
 		 710 aa  192  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0921601  normal  0.211635 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1120  methylmalonyl-CoA mutase  36.69 
 
 		 480 aa  191  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.170859 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1168  Methylmalonyl-CoA mutase  27.14 
 
 		 591 aa  177  7e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.648096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0869  Methylmalonyl-CoA mutase  27.91 
 
 		 604 aa  174  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1165  methylmalonyl-CoA mutase  25.81 
 
 		 589 aa  173  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1291  methylmalonyl-CoA mutase  27.01 
 
 		 588 aa  157  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.788589 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0013  methylmalonyl-CoA mutase  26.93 
 
 		 453 aa  157  5.0000000000000005e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.431519  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  29.27 
 
 		 714 aa  156  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3367  methylmalonyl-CoA mutase  28.94 
 
 		 709 aa  155  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07140  methylmalonyl-COA mutase small subunit  28.01 
 
 		 448 aa  154  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  29.18 
 
 		 718 aa  154  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5687  methylmalonyl-CoA mutase  28.78 
 
 		 712 aa  154  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1222  methylmalonyl-CoA mutase N-terminal domain-containing protein  28.91 
 
 		 597 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  28.69 
 
 		 709 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  28.48 
 
 		 714 aa  149  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  28.39 
 
 		 709 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  28.39 
 
 		 709 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  27.73 
 
 		 712 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  29.31 
 
 		 712 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2001  methylmalonyl-CoA mutase  27.5 
 
 		 714 aa  145  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  27.82 
 
 		 712 aa  143  8e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6098  methylmalonyl-CoA mutase  29.38 
 
 		 712 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.23929  normal  0.554736 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6136  methylmalonyl-CoA mutase  28.31 
 
 		 717 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0179109  normal  0.120378 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1865  methylmalonyl-CoA mutase  29.07 
 
 		 661 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4237  methylmalonyl-CoA mutase  26.99 
 
 		 712 aa  140  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  27.5 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  27.5 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3075  methylmalonyl-CoA mutase  27.5 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  27.5 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  27.5 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  27.73 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  27.73 
 
 		 714 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  27.29 
 
 		 714 aa  139  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  27.41 
 
 		 720 aa  139  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0811  methylmalonyl-CoA mutase  26.91 
 
 		 714 aa  139  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.251875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  26.35 
 
 		 738 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  26.65 
 
 		 722 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0079  methylmalonyl-CoA mutase  26.82 
 
 		 706 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.373309  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1221  methylmalonyl-CoA mutase  27.05 
 
 		 715 aa  137  8e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.584735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  26.97 
 
 		 720 aa  137  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  26.72 
 
 		 723 aa  136  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3260  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  27.37 
 
 		 713 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  27.06 
 
 		 718 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  26.97 
 
 		 720 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  34.93 
 
 		 731 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  26.58 
 
 		 719 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3486  methylmalonyl-CoA mutase  27.1 
 
 		 721 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  27.54 
 
 		 722 aa  134  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  32.55 
 
 		 1106 aa  133  7.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2891  methylmalonyl-CoA mutase  27.93 
 
 		 716 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  25.05 
 
 		 720 aa  133  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  26.46 
 
 		 719 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>