More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3333 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3333  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 858 aa  1744    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1920  TonB-dependent receptor plug  34.52 
 
 		 800 aa  129  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01786  putative TonB dependent receptor  25.37 
 
 		 779 aa  118  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 809 aa  90.1  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 823 aa  85.1  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 823 aa  82  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 		 708 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 823 aa  81.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 820 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2225  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 812 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.946751  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 821 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 811 aa  80.1  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 820 aa  80.1  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  26.98 
 
 		 815 aa  79  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 		 746 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  27.89 
 
 		 821 aa  78.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 718 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2956  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 790 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  28.24 
 
 		 706 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  29.02 
 
 		 705 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3521  TonB-dependent siderophore receptor  30.08 
 
 		 699 aa  74.7  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  26.29 
 
 		 814 aa  74.3  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0396  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 799 aa  73.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  30.28 
 
 		 708 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  29.44 
 
 		 723 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 720 aa  72  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  30.74 
 
 		 756 aa  70.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  29.01 
 
 		 822 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3375  TonB-dependent receptor plug  30.21 
 
 		 824 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.31809  normal  0.581234 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  30.3 
 
 		 756 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  29.34 
 
 		 728 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  30.51 
 
 		 756 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  30.51 
 
 		 756 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  30.51 
 
 		 756 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  30.51 
 
 		 756 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  30.3 
 
 		 820 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1347  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 820 aa  68.2  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 		 733 aa  68.2  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  29.72 
 
 		 742 aa  68.2  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2930  TonB-dependent receptor plug  27.24 
 
 		 810 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0989  TonB-dependent receptor plug  21.93 
 
 		 824 aa  67  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.829693  normal  0.277398 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 		 794 aa  67.4  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1445  TonB-dependent receptor, plug  28.29 
 
 		 825 aa  66.6  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000476077  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  25.76 
 
 		 715 aa  65.9  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3077  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 753 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2440  TonB-dependent receptor, plug  26.81 
 
 		 825 aa  65.1  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000351973  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3760  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 802 aa  64.7  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  31.45 
 
 		 724 aa  64.3  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 739 aa  64.3  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.12 
 
 		 724 aa  63.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  27.64 
 
 		 721 aa  63.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0493  TonB-dependent siderophore receptor  29.55 
 
 		 696 aa  63.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0376  TonB-dependent siderophore receptor  27.35 
 
 		 769 aa  63.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  26.72 
 
 		 719 aa  62.8  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  26.46 
 
 		 812 aa  62.4  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  27.8 
 
 		 708 aa  62.4  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 		 689 aa  62.4  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0006  TonB-dependent siderophore receptor  27.44 
 
 		 709 aa  62  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  27.23 
 
 		 712 aa  62  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  29.11 
 
 		 704 aa  61.6  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  27.22 
 
 		 735 aa  61.6  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 712 aa  61.2  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4489  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 		 785 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4121  TonB-dependent siderophore receptor  31.33 
 
 		 785 aa  61.2  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.922703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 		 738 aa  60.8  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  28.42 
 
 		 703 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1784  TonB-dependent siderophore receptor  25.6 
 
 		 717 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306565  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0101  TonB-dependent siderophore receptor  31.71 
 
 		 759 aa  60.8  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1933  TonB-dependent siderophore receptor  28.63 
 
 		 863 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57776  hitchhiker  0.00557515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2275  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 779 aa  60.8  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00175316  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  30.39 
 
 		 742 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1006  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 726 aa  60.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0917  TonB-dependent siderophore receptor  27.38 
 
 		 696 aa  60.1  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.572242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2690  TonB-dependent receptor, plug  26.73 
 
 		 812 aa  59.7  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.228232 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  26.25 
 
 		 701 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  27.31 
 
 		 740 aa  59.7  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5895  TonB-dependent siderophore receptor  30.69 
 
 		 827 aa  60.1  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 708 aa  59.7  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  26.25 
 
 		 701 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0108  TonB-dependent siderophore receptor  31.1 
 
 		 759 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  30.39 
 
 		 742 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2977  TonB-dependent receptor, plug  27.75 
 
 		 518 aa  59.7  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826241  normal  0.256941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  29.19 
 
 		 799 aa  60.1  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  26.25 
 
 		 701 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4659  TonB-dependent siderophore receptor  32.72 
 
 		 747 aa  59.3  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0946  TonB-dependent siderophore receptor  26.45 
 
 		 706 aa  58.9  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  27.62 
 
 		 713 aa  58.9  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  30.72 
 
 		 784 aa  59.3  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 740 aa  59.7  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 748 aa  58.9  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 737 aa  58.9  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  28.26 
 
 		 762 aa  58.9  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 749 aa  58.9  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0611  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 773 aa  58.9  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000075991  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 748 aa  58.9  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 766 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  28.17 
 
 		 699 aa  58.5  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  26.94 
 
 		 653 aa  58.5  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 		 810 aa  58.5  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 649 aa  58.5  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>