205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2956 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01786  putative TonB dependent receptor  60.36 
 
 		 779 aa  979    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0396  TonB-dependent receptor  62.77 
 
 		 799 aa  1021    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2956  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 790 aa  1608    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1920  TonB-dependent receptor plug  25.47 
 
 		 800 aa  198  4.0000000000000005e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2225  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 812 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.946751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 809 aa  134  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001067  ferric siderophore receptor PsuA  25.41 
 
 		 678 aa  93.2  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0989  TonB-dependent receptor plug  21.75 
 
 		 824 aa  89.7  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.829693  normal  0.277398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3760  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 802 aa  88.2  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3333  TonB-dependent receptor plug  28.23 
 
 		 858 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  24.5 
 
 		 808 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1790  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 816 aa  76.6  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0607055 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  21.57 
 
 		 708 aa  71.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2065  TonB-dependent siderophore receptor  29.91 
 
 		 809 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  22.19 
 
 		 692 aa  67  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  21.37 
 
 		 703 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0150  TonB-dependent siderophore receptor  23.37 
 
 		 843 aa  64.3  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3496  TonB-dependent siderophore receptor  26.45 
 
 		 723 aa  63.9  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.85 
 
 		 703 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.71 
 
 		 833 aa  63.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  24.7 
 
 		 703 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1678  TonB-dependent siderophore receptor  29.25 
 
 		 830 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  30.92 
 
 		 696 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 		 701 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1595  TonB-dependent siderophore receptor  24.07 
 
 		 744 aa  61.2  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.603088  normal  0.0988814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1876  TonB-dependent siderophore receptor  24.25 
 
 		 744 aa  61.2  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.0292257 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  26.85 
 
 		 850 aa  61.2  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 745 aa  60.8  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  30.43 
 
 		 696 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  24.38 
 
 		 799 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5324  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 710 aa  60.1  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0890511 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  21.77 
 
 		 715 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02662  putative TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 693 aa  60.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196813  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0846  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 841 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 		 694 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  25.94 
 
 		 708 aa  59.3  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1962  TonB-dependent siderophore receptor  27.04 
 
 		 746 aa  58.9  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1823  Fe(III)-pyochelin receptor precursor  30.63 
 
 		 747 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3374  TonB-dependent siderophore receptor  29.71 
 
 		 738 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0588335  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4993  TonB-dependent siderophore receptor  29.71 
 
 		 738 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0250813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0860  TonB-dependent siderophore receptor  28.28 
 
 		 841 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1585  TonB-dependent siderophore receptor  28.86 
 
 		 828 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927871  normal  0.219293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5294  TonB-dependent siderophore receptor  29.71 
 
 		 727 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.117694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  30.46 
 
 		 712 aa  58.5  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  25.62 
 
 		 743 aa  58.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  22.95 
 
 		 769 aa  57.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  29.06 
 
 		 803 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2152  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.38 
 
 		 743 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 860 aa  57.4  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000275089 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2048  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 929 aa  56.6  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.221244  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0883  TonB-dependepnt Fe(III)-pyochelin receptor  30.19 
 
 		 719 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0793  TonB-dependepnt Fe(III)-pyochelin receptor  30.19 
 
 		 719 aa  56.6  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454561  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0677  TonB-dependent siderophore receptor  27.98 
 
 		 745 aa  55.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.029692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33680  ferripyoverdine receptor  26.44 
 
 		 815 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133234  normal  0.0177724 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3666  TonB-dependent siderophore receptor  28.86 
 
 		 828 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.476594 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  22.02 
 
 		 751 aa  55.5  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2155  Fe(III)-pyochelin receptor precursor  29.25 
 
 		 752 aa  55.1  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0845  TonB-dependent siderophore receptor  27.17 
 
 		 703 aa  55.1  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  23.93 
 
 		 708 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3478  TonB-dependent siderophore receptor  29.66 
 
 		 825 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0873  outer membrane receptor for Fe  22.65 
 
 		 712 aa  54.3  0.000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.474088  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3317  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 816 aa  54.3  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0569  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 724 aa  54.3  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.931435 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0148  TonB-dependent siderophore receptor  25.23 
 
 		 862 aa  53.9  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.732956  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2462  TonB-dependent siderophore receptor  21.85 
 
 		 724 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  28.04 
 
 		 769 aa  53.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4617  TonB-dependent siderophore receptor  32.7 
 
 		 741 aa  52.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  24.37 
 
 		 749 aa  53.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  28.12 
 
 		 723 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0879  Fe(III)-pyochelin outer membrane receptor precursor  28.37 
 
 		 713 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.871457  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0580  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 725 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 		 794 aa  53.5  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0010  TonB-dependent siderophore receptor  26.79 
 
 		 864 aa  52.4  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.144404  decreased coverage  0.00213669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  27.96 
 
 		 734 aa  52.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0535  TonB-dependent siderophore receptor  27.57 
 
 		 725 aa  52  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2151  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.34 
 
 		 825 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0848793  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0400  ferripyoverdine receptor  23.79 
 
 		 744 aa  52  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.736403  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1049  TonB-dependent siderophore receptor  33.58 
 
 		 788 aa  52  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  26.24 
 
 		 745 aa  51.6  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4286  TonB-dependent siderophore receptor  27.12 
 
 		 728 aa  51.6  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0114  TonB-dependent siderophore receptor  27.12 
 
 		 728 aa  51.6  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 		 844 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4426  TonB-dependent siderophore receptor  27.12 
 
 		 728 aa  51.2  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  27.44 
 
 		 702 aa  51.2  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  27.44 
 
 		 702 aa  51.2  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2121  TonB-dependent siderophore receptor  25.59 
 
 		 693 aa  51.2  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000812539  normal  0.443663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  29.03 
 
 		 736 aa  51.2  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2342  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 693 aa  50.8  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000105633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2318  TonB-dependent siderophore receptor  26.82 
 
 		 724 aa  50.8  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000356836  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 720 aa  50.8  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1281  TonB-dependent siderophore receptor  27.37 
 
 		 699 aa  50.4  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  29.69 
 
 		 732 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09340  Fe(III)-pyochelin outer membrane receptor precursor  27.57 
 
 		 720 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1610  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 733 aa  50.8  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1841  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 		 696 aa  50.8  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000240616  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  21.28 
 
 		 714 aa  50.1  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  28.72 
 
 		 743 aa  50.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4217  outer membrane ferripyoverdine receptor  24.43 
 
 		 812 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  21.18 
 
 		 824 aa  50.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>