More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0989 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_1790  TonB-dependent receptor  48.06 
 
 		 816 aa  727    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0607055 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0989  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 824 aa  1673    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.829693  normal  0.277398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3760  TonB-dependent receptor  50 
 
 		 802 aa  734    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 		 809 aa  346  1e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2225  TonB-dependent receptor  33.46 
 
 		 812 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.946751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01786  putative TonB dependent receptor  24.38 
 
 		 779 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1920  TonB-dependent receptor plug  25.49 
 
 		 800 aa  121  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0396  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 799 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2956  TonB-dependent receptor  21.75 
 
 		 790 aa  89.4  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  28.86 
 
 		 729 aa  79.3  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0917  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 696 aa  79.7  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.572242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1499  TonB-dependent siderophore receptor  24.33 
 
 		 747 aa  80.1  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  25.62 
 
 		 821 aa  77.4  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3560  TonB-dependent siderophore receptor  22.93 
 
 		 710 aa  73.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  25.06 
 
 		 819 aa  73.2  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  24.6 
 
 		 745 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4075  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 		 745 aa  67.4  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3333  TonB-dependent receptor plug  21.93 
 
 		 858 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  27.62 
 
 		 747 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  27.08 
 
 		 801 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  27.62 
 
 		 747 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 738 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 		 734 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  23.43 
 
 		 737 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  23.43 
 
 		 753 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  23.43 
 
 		 753 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5897  TonB-dependent siderophore receptor  26.21 
 
 		 705 aa  65.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 752 aa  65.1  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  26.4 
 
 		 729 aa  65.1  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 741 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 736 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 736 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  23.56 
 
 		 806 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  24.59 
 
 		 799 aa  63.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  25.62 
 
 		 740 aa  62.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  27.91 
 
 		 752 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  25.42 
 
 		 817 aa  62.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1541  TonB-dependent siderophore receptor  25.32 
 
 		 750 aa  62  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0957373  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3561  TonB-dependent siderophore receptor  24 
 
 		 713 aa  62  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  29.94 
 
 		 797 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  29.94 
 
 		 797 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  26.06 
 
 		 747 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  26.06 
 
 		 747 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  26.39 
 
 		 828 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1562  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 753 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000416689  normal  0.182143 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  26.06 
 
 		 745 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  26.06 
 
 		 747 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  26.06 
 
 		 747 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 820 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  26.06 
 
 		 747 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  26.69 
 
 		 747 aa  59.3  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  25.29 
 
 		 703 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  25.29 
 
 		 703 aa  58.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  28.32 
 
 		 733 aa  58.9  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 770 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.74 
 
 		 806 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  29.34 
 
 		 797 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2440  TonB-dependent receptor, plug  27 
 
 		 825 aa  58.5  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000351973  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  29.24 
 
 		 797 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  24.28 
 
 		 797 aa  58.2  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  23.53 
 
 		 828 aa  58.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 829 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  25.29 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  23.31 
 
 		 710 aa  57.8  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  28.25 
 
 		 719 aa  57  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2690  TonB-dependent receptor, plug  27.81 
 
 		 812 aa  57.4  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.228232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  23.42 
 
 		 705 aa  57  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 823 aa  57.4  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  23.33 
 
 		 740 aa  56.6  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  27.42 
 
 		 692 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1027  TonB-dependent siderophore receptor  26.44 
 
 		 717 aa  56.2  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.424895 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6718  ferrichrome receptor precursor protein  23.5 
 
 		 719 aa  56.2  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0249127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 794 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  24.78 
 
 		 828 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3574  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 734 aa  56.6  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.647008 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5373  TonB-dependent siderophore receptor  27.08 
 
 		 745 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.834495  normal  0.604125 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2539  TonB-dependent siderophore receptor  23.67 
 
 		 719 aa  56.6  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02662  putative TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 693 aa  56.6  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1619  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 754 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00285071 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  25.44 
 
 		 723 aa  57  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  23.48 
 
 		 710 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0945  TonB-dependent siderophore receptor  26.44 
 
 		 717 aa  55.8  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  27.13 
 
 		 745 aa  55.8  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  25.16 
 
 		 711 aa  56.2  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1164  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 754 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0408687  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1644  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 754 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.107171  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3062  TonB-dependent siderophore receptor  30.06 
 
 		 715 aa  55.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 823 aa  55.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  25.24 
 
 		 799 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  23.44 
 
 		 821 aa  55.5  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  23.44 
 
 		 820 aa  55.5  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 823 aa  55.8  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  24.5 
 
 		 828 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3417  TonB dependent outer membrane ferrichrome-iron receptor  29.45 
 
 		 715 aa  55.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  28.25 
 
 		 708 aa  55.1  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 811 aa  55.1  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001284  putative iron(III) compound receptor  23.65 
 
 		 701 aa  54.7  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000165675  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  25.71 
 
 		 769 aa  54.7  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4121  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 785 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.922703 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4489  TonB-dependent siderophore receptor  25.16 
 
 		 785 aa  54.7  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>