More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2440 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  74.4 
 
 		 820 aa  1280    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1347  TonB-dependent receptor  71.55 
 
 		 820 aa  1254    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  74.57 
 
 		 815 aa  1278    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2930  TonB-dependent receptor plug  75.54 
 
 		 810 aa  1308    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  73.49 
 
 		 811 aa  1276    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  74.97 
 
 		 814 aa  1270    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2690  TonB-dependent receptor, plug  72.4 
 
 		 812 aa  1263    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.228232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  72.99 
 
 		 821 aa  1252    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1445  TonB-dependent receptor, plug  77.24 
 
 		 825 aa  1327    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000476077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  74.37 
 
 		 823 aa  1270    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3375  TonB-dependent receptor plug  73.07 
 
 		 824 aa  1248    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.31809  normal  0.581234 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3803  TonB-dependent receptor, plug  51.52 
 
 		 807 aa  821    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  73.77 
 
 		 823 aa  1259    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  73.25 
 
 		 823 aa  1255    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2440  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 825 aa  1684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000351973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  74.76 
 
 		 820 aa  1284    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  72.99 
 
 		 821 aa  1252    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 738 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  25.96 
 
 		 742 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  25.7 
 
 		 742 aa  168  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  25.15 
 
 		 740 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  24.35 
 
 		 720 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  25.09 
 
 		 748 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  25.09 
 
 		 748 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  25.03 
 
 		 749 aa  159  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  24.82 
 
 		 737 aa  157  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3561  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 713 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  24.94 
 
 		 712 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 		 702 aa  144  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 		 702 aa  144  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 711 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  24.18 
 
 		 703 aa  132  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  23.82 
 
 		 708 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 715 aa  124  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  31.96 
 
 		 724 aa  124  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  31.96 
 
 		 724 aa  124  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  31.96 
 
 		 723 aa  124  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  22.62 
 
 		 709 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 		 720 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 		 720 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 		 720 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  22.97 
 
 		 719 aa  119  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  26.68 
 
 		 712 aa  119  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  21.63 
 
 		 799 aa  118  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  27.84 
 
 		 714 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  23.12 
 
 		 708 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.05 
 
 		 713 aa  115  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  24.06 
 
 		 724 aa  113  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3802  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799699  normal  0.136718 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3915  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  23.25 
 
 		 753 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  30.56 
 
 		 711 aa  102  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  33.8 
 
 		 701 aa  102  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  26.92 
 
 		 850 aa  101  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 701 aa  101  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 701 aa  101  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  28.79 
 
 		 722 aa  100  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 757 aa  100  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  29.76 
 
 		 701 aa  100  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  28.33 
 
 		 699 aa  99.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  30.1 
 
 		 722 aa  98.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  36.6 
 
 		 710 aa  97.8  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  33.93 
 
 		 720 aa  97.4  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 		 707 aa  97.4  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 		 825 aa  97.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4039  TonB-dependent siderophore receptor  24.76 
 
 		 814 aa  96.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 		 825 aa  96.3  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  29.82 
 
 		 707 aa  96.3  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  26.87 
 
 		 776 aa  95.5  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0946  TonB-dependent siderophore receptor  32.38 
 
 		 706 aa  95.9  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  30.13 
 
 		 701 aa  95.5  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  29.47 
 
 		 795 aa  95.5  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  23.43 
 
 		 699 aa  95.5  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 		 701 aa  95.1  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  32.16 
 
 		 770 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 		 708 aa  94.4  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  27.8 
 
 		 689 aa  93.6  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  32.16 
 
 		 710 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  30.34 
 
 		 810 aa  93.6  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0946  TonB-dependent siderophore receptor  31.31 
 
 		 715 aa  93.6  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  22.35 
 
 		 721 aa  94  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  32.49 
 
 		 743 aa  93.2  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3560  TonB-dependent siderophore receptor  34.62 
 
 		 710 aa  93.2  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  31.65 
 
 		 721 aa  93.2  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  28.73 
 
 		 689 aa  92.8  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  22.84 
 
 		 829 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  32.02 
 
 		 708 aa  92.8  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1028  TonB-dependent siderophore receptor  31.31 
 
 		 718 aa  92.8  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.289591  normal  0.407367 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  34.52 
 
 		 701 aa  93.2  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  30.85 
 
 		 815 aa  92  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  30.47 
 
 		 709 aa  92.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0106  TonB-dependent siderophore receptor  31.6 
 
 		 728 aa  92.4  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  28.44 
 
 		 837 aa  92.4  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  29.11 
 
 		 859 aa  92.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  30.71 
 
 		 757 aa  92.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0139  TonB-dependent siderophore receptor  33.82 
 
 		 921 aa  92  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0354912  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0418  TonB-dependent siderophore receptor  33.82 
 
 		 921 aa  92  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1162  TonB-dependent siderophore receptor  33.82 
 
 		 881 aa  92  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1180  TonB-dependent siderophore receptor  33.82 
 
 		 679 aa  91.7  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1509  TonB-dependent siderophore receptor  33.82 
 
 		 882 aa  91.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.826442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>