More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2225 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  72.16 
 
 		 809 aa  1174    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2225  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 812 aa  1645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.946751  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3760  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 802 aa  348  2e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0989  TonB-dependent receptor plug  33.46 
 
 		 824 aa  344  2.9999999999999997e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.829693  normal  0.277398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1790  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 816 aa  332  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0607055 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01786  putative TonB dependent receptor  25.03 
 
 		 779 aa  168  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1920  TonB-dependent receptor plug  24.91 
 
 		 800 aa  155  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0396  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 799 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2956  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 790 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3333  TonB-dependent receptor plug  27.04 
 
 		 858 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2124  TonB-dependent siderophore receptor  22.66 
 
 		 722 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000170131  normal  0.221939 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2136  TonB-dependent siderophore receptor  22.6 
 
 		 722 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.503645  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3863  TonB-dependent siderophore receptor  21.2 
 
 		 733 aa  71.6  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000567085  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  21.49 
 
 		 711 aa  69.7  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2461  TonB-dependent siderophore receptor  22.18 
 
 		 713 aa  69.3  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2339  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 722 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000312883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1841  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 696 aa  67  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000240616  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  27.78 
 
 		 728 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  25.18 
 
 		 708 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  26.02 
 
 		 743 aa  65.5  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  26.26 
 
 		 723 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  26.39 
 
 		 742 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1729  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 852 aa  62.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.411333 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00133  FhuE receptor  23.79 
 
 		 697 aa  62.4  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.174299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  26.94 
 
 		 692 aa  62  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 698 aa  61.6  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 718 aa  61.2  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0952  TonB-dependent siderophore receptor  21.53 
 
 		 729 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000770151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1445  TonB-dependent receptor, plug  24.08 
 
 		 825 aa  59.7  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000476077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  26.15 
 
 		 722 aa  60.1  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0988  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 731 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00021194  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 718 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 649 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  26.52 
 
 		 771 aa  59.3  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0950  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 723 aa  59.3  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000152119  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  26.7 
 
 		 696 aa  58.9  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  22.81 
 
 		 815 aa  58.9  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0677  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 745 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.029692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0816  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 816 aa  58.2  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 715 aa  57.8  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0975  TonB-dependent siderophore receptor  27.65 
 
 		 806 aa  57.8  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.608799  normal  0.162482 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 		 656 aa  57.8  0.0000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 696 aa  57.8  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2977  TonB-dependent receptor, plug  27.05 
 
 		 518 aa  57.4  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826241  normal  0.256941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  23.55 
 
 		 814 aa  57  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6718  ferrichrome receptor precursor protein  25 
 
 		 719 aa  57.4  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0249127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2121  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 693 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000812539  normal  0.443663 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4755  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 		 797 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.251254  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  24.88 
 
 		 722 aa  56.6  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4556  TonB-dependent siderophore receptor  23.53 
 
 		 720 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  27.75 
 
 		 797 aa  57  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  0.0000000123032 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2342  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 693 aa  56.6  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000105633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  28.82 
 
 		 723 aa  56.6  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  27.39 
 
 		 906 aa  56.2  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02230  outer membrane ferripyoverdine receptor  24.23 
 
 		 789 aa  56.6  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 802 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  21.08 
 
 		 712 aa  55.8  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 701 aa  55.8  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0860  TonB-dependent siderophore receptor  23.33 
 
 		 841 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0846  TonB-dependent siderophore receptor  23.33 
 
 		 841 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4761  TonB-dependent siderophore receptor  27.45 
 
 		 797 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0106  TonB-dependent siderophore receptor  21.45 
 
 		 728 aa  55.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2549  TonB-dependent siderophore receptor  23.97 
 
 		 700 aa  55.8  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133657  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  26.86 
 
 		 731 aa  55.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  26.34 
 
 		 711 aa  55.5  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  28.38 
 
 		 733 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.11 
 
 		 806 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4082  TonB-dependent siderophore receptor  22.86 
 
 		 819 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.671478  normal  0.825712 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 720 aa  55.5  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  26.15 
 
 		 699 aa  55.1  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  30.22 
 
 		 653 aa  55.1  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2282  TonB-dependent siderophore receptor  31.25 
 
 		 809 aa  54.7  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.664141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 720 aa  55.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 713 aa  54.7  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  23.97 
 
 		 740 aa  54.7  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 821 aa  54.7  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5324  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 		 710 aa  54.3  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0890511 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2119  TonB-dependent siderophore receptor  25.28 
 
 		 810 aa  54.3  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2662  TonB system receptor  23.78 
 
 		 680 aa  54.3  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0618091  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5294  TonB-dependent siderophore receptor  23.11 
 
 		 727 aa  54.3  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.117694 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 740 aa  54.3  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3666  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 828 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.476594 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 811 aa  53.5  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1821  TonB-dependent siderophore receptor  26.47 
 
 		 712 aa  53.9  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  24.05 
 
 		 655 aa  53.9  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  24.79 
 
 		 647 aa  53.5  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  32.89 
 
 		 712 aa  53.9  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3374  TonB-dependent siderophore receptor  22.94 
 
 		 738 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0588335  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 820 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 774 aa  53.5  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  34.92 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  23.94 
 
 		 705 aa  53.9  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  22.78 
 
 		 820 aa  53.5  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0946  TonB-dependent siderophore receptor  22.48 
 
 		 715 aa  53.5  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  26.11 
 
 		 797 aa  54.3  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4993  TonB-dependent siderophore receptor  22.94 
 
 		 738 aa  53.9  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0250813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 823 aa  54.3  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  26.11 
 
 		 745 aa  53.1  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  23.74 
 
 		 757 aa  53.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  25.79 
 
 		 701 aa  53.5  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>