88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0396 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0396  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 799 aa  1624    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2956  TonB-dependent receptor  64.91 
 
 		 790 aa  1019    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01786  putative TonB dependent receptor  61.01 
 
 		 779 aa  939    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1920  TonB-dependent receptor plug  25.03 
 
 		 800 aa  194  5e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2225  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 812 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.946751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02502  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 809 aa  144  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00256111  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0989  TonB-dependent receptor plug  22.43 
 
 		 824 aa  96.3  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.829693  normal  0.277398 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3760  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 802 aa  91.3  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1790  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 816 aa  79  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0607055 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  23.44 
 
 		 808 aa  77.4  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3333  TonB-dependent receptor plug  25.5 
 
 		 858 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001067  ferric siderophore receptor PsuA  23.74 
 
 		 678 aa  62.4  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1443  TonB-dependent siderophore receptor  25.45 
 
 		 743 aa  62  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.281605  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  27.92 
 
 		 703 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  22.13 
 
 		 784 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  30.09 
 
 		 715 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2065  TonB-dependent siderophore receptor  27.5 
 
 		 809 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.53 
 
 		 703 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  29.17 
 
 		 694 aa  57.4  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  27.16 
 
 		 707 aa  55.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2048  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 929 aa  55.5  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.221244  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 701 aa  55.1  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  25.13 
 
 		 850 aa  54.7  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  30.69 
 
 		 803 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  26.24 
 
 		 692 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  22.32 
 
 		 723 aa  53.1  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  24.87 
 
 		 712 aa  52.8  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  26.95 
 
 		 844 aa  52.4  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0311  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 697 aa  51.6  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000107098  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  25.53 
 
 		 699 aa  51.6  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1585  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 828 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927871  normal  0.219293 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5324  TonB-dependent siderophore receptor  22.82 
 
 		 710 aa  51.2  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0890511 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  23.94 
 
 		 709 aa  50.8  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3666  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 828 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.476594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3808  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 		 741 aa  50.8  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.071582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1260  TonB-dependent siderophore receptor  22.55 
 
 		 755 aa  50.8  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1678  TonB-dependent siderophore receptor  26.34 
 
 		 830 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  26.87 
 
 		 792 aa  50.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  21.84 
 
 		 708 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0148  TonB-dependent siderophore receptor  26.17 
 
 		 862 aa  48.9  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.732956  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0837  TonB-dependent siderophore receptor  20.99 
 
 		 759 aa  48.5  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213171  normal  0.109269 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  24.88 
 
 		 735 aa  48.5  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 755 aa  48.5  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 707 aa  47  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 765 aa  47.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1281  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 699 aa  47.4  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3496  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 723 aa  47.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0522  TonB-dependent receptor  20.86 
 
 		 817 aa  46.6  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2928  TonB-dependent receptor plug  24 
 
 		 1245 aa  46.6  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.142852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  21.74 
 
 		 769 aa  46.6  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03559  putative outer membrane receptor for iron transport  24.65 
 
 		 761 aa  47  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  25.63 
 
 		 821 aa  46.6  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  25.57 
 
 		 815 aa  47  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  25.63 
 
 		 820 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  23.98 
 
 		 703 aa  46.2  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1049  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 		 788 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  27 
 
 		 814 aa  46.6  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  31.67 
 
 		 712 aa  46.2  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  20.13 
 
 		 720 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  29.85 
 
 		 745 aa  45.4  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1078  TonB-dependent receptor  22.11 
 
 		 748 aa  45.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2275  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 779 aa  45.4  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00175316  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  24.1 
 
 		 696 aa  45.4  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3062  TonB-dependent siderophore receptor  28.91 
 
 		 715 aa  45.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0688  TonB-dependent receptor protein  21.9 
 
 		 716 aa  45.4  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  24.24 
 
 		 722 aa  45.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  19.97 
 
 		 720 aa  45.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1948  TonB-dependent receptor plug  27.42 
 
 		 815 aa  45.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 781 aa  45.4  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2121  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 722 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0440064  normal  0.552205 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 823 aa  45.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3292  TonB-dependent siderophore receptor  23.32 
 
 		 771 aa  45.1  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0658  secretin/TonB  22.77 
 
 		 507 aa  44.7  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 702 aa  44.3  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2462  TonB-dependent siderophore receptor  20.07 
 
 		 724 aa  44.3  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2813  molybdate ABC transporter permease  29.05 
 
 		 743 aa  44.3  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000103561  decreased coverage  0.000000463153 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  20.66 
 
 		 714 aa  44.3  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0992  TonB-dependent siderophore receptor  28.08 
 
 		 762 aa  44.7  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221466  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 702 aa  44.3  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  20.1 
 
 		 720 aa  44.3  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  23.59 
 
 		 696 aa  44.3  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  23.94 
 
 		 734 aa  44.3  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 705 aa  44.3  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  23.36 
 
 		 825 aa  43.9  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33680  ferripyoverdine receptor  23.56 
 
 		 815 aa  44.3  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133234  normal  0.0177724 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3097  TonB-dependent siderophore receptor  23.76 
 
 		 723 aa  44.3  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.582192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  20.7 
 
 		 720 aa  44.3  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  27.32 
 
 		 719 aa  44.3  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>