More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2977 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2977  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 518 aa  1046    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.826241  normal  0.256941 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  43.45 
 
 		 829 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0725  TonB-dependent receptor protein  40.15 
 
 		 633 aa  350  5e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.321904  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  45.61 
 
 		 801 aa  349  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  41.96 
 
 		 812 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  40.3 
 
 		 829 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  39.92 
 
 		 821 aa  335  9e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  41.26 
 
 		 808 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  38.66 
 
 		 863 aa  321  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  39.15 
 
 		 819 aa  319  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  44.27 
 
 		 723 aa  317  4e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  38.55 
 
 		 802 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  38.89 
 
 		 817 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  37.19 
 
 		 828 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  39.4 
 
 		 778 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  37.62 
 
 		 815 aa  303  6.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  39.34 
 
 		 833 aa  302  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  38.19 
 
 		 799 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  37.31 
 
 		 791 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  37.31 
 
 		 791 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  39.56 
 
 		 799 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3728  TonB-dependent siderophore receptor  41.45 
 
 		 733 aa  291  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0317837  normal  0.454435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1122  TonB-dependent siderophore receptor  40.47 
 
 		 701 aa  291  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625422  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  39.26 
 
 		 831 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  35.87 
 
 		 810 aa  287  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  36.53 
 
 		 810 aa  287  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  35.43 
 
 		 810 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  34.96 
 
 		 810 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  41.51 
 
 		 789 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  37.2 
 
 		 822 aa  280  6e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  34.68 
 
 		 808 aa  279  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  39.64 
 
 		 771 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  36.05 
 
 		 797 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  36.38 
 
 		 806 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  38.87 
 
 		 771 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  37.53 
 
 		 806 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  37.83 
 
 		 740 aa  266  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  35.74 
 
 		 797 aa  266  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  37 
 
 		 799 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  36 
 
 		 779 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  38.48 
 
 		 729 aa  263  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  39.47 
 
 		 741 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  39.47 
 
 		 752 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  39.47 
 
 		 736 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  39.47 
 
 		 736 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  39.47 
 
 		 753 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  39.47 
 
 		 753 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  39.47 
 
 		 737 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  38.32 
 
 		 717 aa  260  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4489  TonB-dependent siderophore receptor  37.99 
 
 		 785 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4066  TonB-dependent siderophore receptor  40.36 
 
 		 785 aa  259  9e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  38.56 
 
 		 735 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4121  TonB-dependent siderophore receptor  37.99 
 
 		 785 aa  259  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.922703 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  40.14 
 
 		 784 aa  259  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  39.1 
 
 		 738 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5955  TonB-dependent siderophore receptor  34.39 
 
 		 877 aa  256  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0124539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  41.46 
 
 		 745 aa  256  7e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4075  TonB-dependent siderophore receptor  39.62 
 
 		 745 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  42.67 
 
 		 769 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0945  TonB-dependent siderophore receptor  39.95 
 
 		 717 aa  254  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1027  TonB-dependent siderophore receptor  39.95 
 
 		 717 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.424895 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1775  TonB-dependent siderophore receptor  39.57 
 
 		 721 aa  252  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0672  TonB-dependent siderophore receptor  40.41 
 
 		 728 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264811  normal  0.669281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1595  TonB-dependent siderophore receptor  39.28 
 
 		 744 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.603088  normal  0.0988814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  32.73 
 
 		 794 aa  250  3e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1876  TonB-dependent siderophore receptor  39.28 
 
 		 744 aa  251  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.0292257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2192  ferrioxamine B receptor precursor protein  37.95 
 
 		 724 aa  249  8e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.411084  decreased coverage  0.00773577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  35.16 
 
 		 828 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0683  TonB-dependent siderophore receptor  40.16 
 
 		 728 aa  249  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  35.16 
 
 		 828 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  38.12 
 
 		 748 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  34.95 
 
 		 828 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 		 820 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0974  TonB-dependent siderophore receptor  39.14 
 
 		 737 aa  248  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.930305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 		 794 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4099  TonB-dependent siderophore receptor  40.46 
 
 		 743 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0727583  decreased coverage  0.00321586 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  40.41 
 
 		 714 aa  244  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1562  TonB-dependent siderophore receptor  39.83 
 
 		 753 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000416689  normal  0.182143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1436  TonB-dependent siderophore receptor  40.41 
 
 		 750 aa  243  5e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  36.06 
 
 		 729 aa  243  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1541  TonB-dependent siderophore receptor  40 
 
 		 750 aa  243  6e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0957373  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0646  TonB-dependent siderophore receptor  39.95 
 
 		 665 aa  242  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123915  normal  0.553141 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  38.63 
 
 		 734 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  38.23 
 
 		 705 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3324  TonB-dependent siderophore receptor  36.97 
 
 		 745 aa  241  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.177313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1499  TonB-dependent siderophore receptor  34.45 
 
 		 747 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2636  TonB-dependent siderophore receptor  37.5 
 
 		 776 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2654  TonB-dependent siderophore receptor  39.5 
 
 		 757 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0434213 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  36.48 
 
 		 747 aa  240  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  35.81 
 
 		 729 aa  239  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  36.07 
 
 		 747 aa  239  6.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7174  TonB-dependent siderophore receptor  39.94 
 
 		 729 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.229498 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  35.25 
 
 		 745 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  35.44 
 
 		 752 aa  237  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  37.37 
 
 		 719 aa  237  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  35.22 
 
 		 747 aa  236  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  35.22 
 
 		 729 aa  236  6e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  37.3 
 
 		 745 aa  236  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  35.32 
 
 		 747 aa  236  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3731  putative ferrisiderophore receptor  39.01 
 
 		 728 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>