More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0885 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
794 aa  1627    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  37.85 
 
 
819 aa  452  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  36.03 
 
 
821 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  36.59 
 
 
799 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  38.81 
 
 
812 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.59 
 
 
833 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  36.71 
 
 
829 aa  432  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  36.83 
 
 
778 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  36.32 
 
 
802 aa  415  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  36.88 
 
 
806 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  36.21 
 
 
801 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  36.34 
 
 
829 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  34.84 
 
 
806 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  34.7 
 
 
797 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  33.94 
 
 
799 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  33.09 
 
 
810 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  34.21 
 
 
863 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  32.69 
 
 
817 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  32.73 
 
 
810 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  33.04 
 
 
810 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  33.79 
 
 
828 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  32.37 
 
 
808 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  36.1 
 
 
729 aa  376  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 
810 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  35.52 
 
 
769 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1436  TonB-dependent siderophore receptor  35.58 
 
 
750 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  36.05 
 
 
771 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  35.67 
 
 
789 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  34.37 
 
 
779 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  33.42 
 
 
808 aa  366  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  35.01 
 
 
745 aa  362  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  35.12 
 
 
771 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  35.04 
 
 
729 aa  360  7e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
815 aa  355  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  34.63 
 
 
799 aa  354  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  33.81 
 
 
729 aa  353  7e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  36.76 
 
 
745 aa  353  8.999999999999999e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  33.67 
 
 
729 aa  349  9e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  33.86 
 
 
729 aa  347  6e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  33.86 
 
 
703 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  33.86 
 
 
703 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  34.86 
 
 
831 aa  345  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1499  TonB-dependent siderophore receptor  34.18 
 
 
747 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  34.65 
 
 
753 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  32.99 
 
 
791 aa  340  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3731  putative ferrisiderophore receptor  34.99 
 
 
728 aa  340  7e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  35.32 
 
 
750 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  32.73 
 
 
791 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3728  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 
733 aa  338  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0317837  normal  0.454435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 
797 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  32.53 
 
 
822 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  34.67 
 
 
723 aa  337  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 
820 aa  336  7.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1541  TonB-dependent siderophore receptor  32.6 
 
 
750 aa  336  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0957373  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 
794 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1562  TonB-dependent siderophore receptor  32.26 
 
 
753 aa  334  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000416689  normal  0.182143 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  33.62 
 
 
734 aa  334  5e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  32.01 
 
 
797 aa  333  8e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  32.72 
 
 
741 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
738 aa  332  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  32.91 
 
 
753 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  33.47 
 
 
747 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  32.91 
 
 
753 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  32.72 
 
 
752 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  32.72 
 
 
736 aa  332  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  32.72 
 
 
736 aa  332  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  33.1 
 
 
737 aa  331  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  33.8 
 
 
745 aa  331  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  33 
 
 
719 aa  330  8e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1027  TonB-dependent siderophore receptor  35.74 
 
 
717 aa  329  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.424895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  33.19 
 
 
747 aa  328  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0945  TonB-dependent siderophore receptor  35.74 
 
 
717 aa  328  3e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  32.68 
 
 
718 aa  328  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  33.38 
 
 
747 aa  327  5e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  33.52 
 
 
747 aa  327  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  33.38 
 
 
747 aa  327  6e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  33.52 
 
 
733 aa  327  8.000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4790  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 
750 aa  326  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00609925  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1164  TonB-dependent siderophore receptor  32.84 
 
 
754 aa  326  1e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0408687  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1644  TonB-dependent siderophore receptor  32.84 
 
 
754 aa  326  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.107171  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1619  TonB-dependent siderophore receptor  32.84 
 
 
754 aa  326  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00285071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  30.05 
 
 
828 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7174  TonB-dependent siderophore receptor  32.05 
 
 
729 aa  325  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.229498 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4075  TonB-dependent siderophore receptor  32.8 
 
 
745 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  30.17 
 
 
828 aa  324  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  32.97 
 
 
747 aa  324  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  31.99 
 
 
740 aa  323  6e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2399  TonB-dependent siderophore receptor  31.56 
 
 
729 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1876  TonB-dependent siderophore receptor  34.42 
 
 
744 aa  321  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.0292257 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4098  TonB-dependent siderophore receptor  33.72 
 
 
754 aa  321  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1122  TonB-dependent siderophore receptor  33 
 
 
701 aa  321  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625422  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4673  TonB-dependent siderophore receptor  33.06 
 
 
727 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  33.63 
 
 
699 aa  320  7e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  29.55 
 
 
828 aa  320  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  32.81 
 
 
717 aa  318  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4798  TonB-dependent siderophore receptor  33.19 
 
 
724 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1595  TonB-dependent siderophore receptor  34.28 
 
 
744 aa  319  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.603088  normal  0.0988814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0683  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
728 aa  318  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0672  TonB-dependent siderophore receptor  33.2 
 
 
728 aa  317  5e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264811  normal  0.669281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  32.23 
 
 
714 aa  315  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>