More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0404 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0404  response regulator receiver protein  100 
 
 		 121 aa  246  7e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5307  response regulator receiver domain-containing protein  93.39 
 
 		 121 aa  236  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0137607  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0509  twitching motility protein PilH  94.21 
 
 		 121 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05330  twitching motility protein PilH  94.21 
 
 		 121 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5033  type IV pilus response regulator PilH  91.74 
 
 		 121 aa  233  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0489  response regulator receiver  89.26 
 
 		 121 aa  228  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.646514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5041  response regulator receiver protein  76.86 
 
 		 121 aa  201  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0473  response regulator receiver protein  76.03 
 
 		 121 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4991  response regulator receiver protein  75.21 
 
 		 121 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4865  response regulator receiver protein  75.21 
 
 		 121 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321258  normal  0.0275279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3768  response regulator receiver protein  72.5 
 
 		 120 aa  187  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3633  response regulator receiver domain-containing protein  72.88 
 
 		 120 aa  179  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0515  response regulator receiver protein  65.55 
 
 		 120 aa  172  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.163432  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  65.55 
 
 		 121 aa  170  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2903  response regulator receiver protein  63.33 
 
 		 120 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.629195  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0356  response regulator receiver protein  57.02 
 
 		 121 aa  159  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3018  response regulator receiver protein  61.98 
 
 		 123 aa  158  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2100  response regulator receiver domain-containing protein  56.3 
 
 		 120 aa  155  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1817  putative two-component response regulator  53.78 
 
 		 120 aa  148  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02637  regulatory protein PilH family  57.14 
 
 		 128 aa  148  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2158  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 120 aa  147  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2551  response regulator receiver domain-containing protein  55.93 
 
 		 121 aa  144  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3689  response regulator receiver protein  55.17 
 
 		 121 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.443278  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3898  response regulator receiver  57.39 
 
 		 121 aa  142  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3088  response regulator receiver protein  53.33 
 
 		 120 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.224006 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3189  twitching motility protein  53.85 
 
 		 121 aa  140  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.612166  normal  0.249154 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1789  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 128 aa  140  7e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1724  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 128 aa  140  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.999633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3970  response regulator receiver protein  53.04 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0244969 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0130  response regulator receiver  53.78 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1137  response regulator receiver domain-containing protein  51.72 
 
 		 121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.635456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1573  response regulator receiver protein  54.29 
 
 		 121 aa  131  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01603  PilH  48.74 
 
 		 120 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.376187  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2900  response regulator receiver protein  50 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.197839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3577  response regulator receiver protein  50 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.141746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4625  response regulator receiver protein  47.41 
 
 		 121 aa  128  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.635313  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3020  response regulator receiver protein  50 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.447611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0902  response regulator receiver protein  49.14 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1372  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0313107  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3353  response regulator receiver protein  48.28 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.392561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1243  response regulator receiver domain-containing protein  48.72 
 
 		 121 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.253807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0522  response regulator receiver domain-containing protein  45.22 
 
 		 120 aa  122  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0669  putative twitching motility two-component response regulator transcription regulator protein  51.33 
 
 		 122 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0670  response regulator receiver domain-containing protein  46.61 
 
 		 122 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00691443  normal  0.823575 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2622  response regulator receiver  47.41 
 
 		 123 aa  114  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0613  response regulator receiver protein  47.79 
 
 		 122 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.242329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0561  response regulator receiver protein  47.79 
 
 		 122 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0059  response regulator receiver domain-containing protein  39.5 
 
 		 125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.157498  normal  0.212271 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 120 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0856  response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 		 120 aa  107  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0758877  normal  0.0586548 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 454 aa  106  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1221  response regulator receiver domain-containing protein  47.66 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3337  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 121 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2780  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 121 aa  105  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.76051 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 313 aa  104  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.74 
 
 		 469 aa  103  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 457 aa  103  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4743  response regulator receiver protein  40 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329385 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 121 aa  102  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6548  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.24 
 
 		 397 aa  101  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.543575 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3968  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 125 aa  101  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 121 aa  101  4e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  43.22 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 126 aa  100  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2343  two component transcriptional regulator  44.83 
 
 		 243 aa  100  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00929975  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  41.88 
 
 		 454 aa  100  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0912  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 118 aa  100  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.616011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1887  adenylate/guanylate cyclase  41.88 
 
 		 403 aa  99.8  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.83 
 
 		 457 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 123 aa  99.4  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 123 aa  98.6  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.88 
 
 		 457 aa  99  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2789  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 121 aa  98.6  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.98 
 
 		 457 aa  98.2  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  40.68 
 
 		 385 aa  98.6  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  41.67 
 
 		 1937 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 349 aa  98.6  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 1937 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.98 
 
 		 457 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.1 
 
 		 225 aa  97.8  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0717  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 115 aa  97.8  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.98 
 
 		 1936 aa  98.2  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 121 aa  97.8  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1423  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 119 aa  97.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.24081  normal  0.185499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 124 aa  97.4  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 123 aa  97.8  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1874  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 320 aa  97.8  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.420153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.98 
 
 		 455 aa  97.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2795  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 121 aa  97.1  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.66 
 
 		 236 aa  97.1  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 338 aa  97.1  8e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 247 aa  96.3  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.29 
 
 		 458 aa  96.3  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 457 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 457 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 225 aa  95.9  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3661  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 120 aa  95.9  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 		 1937 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>