More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1372 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1372  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 121 aa  249  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0313107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0902  response regulator receiver protein  80.99 
 
 		 121 aa  207  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3020  response regulator receiver protein  80.17 
 
 		 121 aa  205  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.447611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1137  response regulator receiver domain-containing protein  79.34 
 
 		 121 aa  204  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.635456 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3577  response regulator receiver protein  80.17 
 
 		 121 aa  205  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.141746 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2900  response regulator receiver protein  80.17 
 
 		 121 aa  205  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.197839  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3353  response regulator receiver protein  78.51 
 
 		 121 aa  202  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.392561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1573  response regulator receiver protein  77.5 
 
 		 121 aa  197  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4625  response regulator receiver protein  72.73 
 
 		 121 aa  193  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.635313  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3970  response regulator receiver protein  71.07 
 
 		 121 aa  192  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0244969 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3189  twitching motility protein  70 
 
 		 121 aa  183  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.612166  normal  0.249154 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0670  response regulator receiver domain-containing protein  62.81 
 
 		 122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00691443  normal  0.823575 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2622  response regulator receiver  64.41 
 
 		 123 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0669  putative twitching motility two-component response regulator transcription regulator protein  60 
 
 		 122 aa  155  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0561  response regulator receiver protein  59.5 
 
 		 122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0613  response regulator receiver protein  59.5 
 
 		 122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.242329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3689  response regulator receiver protein  57.85 
 
 		 121 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.443278  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2551  response regulator receiver domain-containing protein  55.37 
 
 		 121 aa  142  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1243  response regulator receiver domain-containing protein  54.7 
 
 		 121 aa  140  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.253807 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3898  response regulator receiver  53.33 
 
 		 121 aa  137  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3633  response regulator receiver domain-containing protein  53.85 
 
 		 120 aa  135  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0509  twitching motility protein PilH  52.59 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05330  twitching motility protein PilH  52.59 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0489  response regulator receiver  50 
 
 		 121 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.646514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0515  response regulator receiver protein  47.71 
 
 		 120 aa  128  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.163432  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5033  type IV pilus response regulator PilH  50.86 
 
 		 121 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  51.33 
 
 		 121 aa  128  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2903  response regulator receiver protein  50.86 
 
 		 120 aa  127  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.629195  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0404  response regulator receiver protein  50 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5307  response regulator receiver domain-containing protein  52.73 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0137607  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5041  response regulator receiver protein  50 
 
 		 121 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4991  response regulator receiver protein  49.12 
 
 		 121 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0473  response regulator receiver protein  49.56 
 
 		 121 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4865  response regulator receiver protein  49.12 
 
 		 121 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321258  normal  0.0275279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3768  response regulator receiver protein  48.28 
 
 		 120 aa  123  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48045  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0130  response regulator receiver  51.3 
 
 		 121 aa  121  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0059  response regulator receiver domain-containing protein  48.31 
 
 		 125 aa  120  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.157498  normal  0.212271 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0356  response regulator receiver protein  47.41 
 
 		 121 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4743  response regulator receiver protein  50.91 
 
 		 125 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329385 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2158  response regulator receiver protein  45.76 
 
 		 120 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2789  response regulator receiver protein  45.61 
 
 		 121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  43.22 
 
 		 121 aa  113  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0856  response regulator receiver domain-containing protein  40.87 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0758877  normal  0.0586548 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3968  response regulator receiver protein  46.09 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2100  response regulator receiver domain-containing protein  46.09 
 
 		 120 aa  110  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1423  response regulator receiver protein  43.48 
 
 		 119 aa  110  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.24081  normal  0.185499 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01603  PilH  41.38 
 
 		 120 aa  110  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.376187  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  43.48 
 
 		 121 aa  110  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02637  regulatory protein PilH family  48.18 
 
 		 128 aa  110  7.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1789  response regulator receiver protein  44.55 
 
 		 128 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2795  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1724  response regulator receiver protein  44.55 
 
 		 128 aa  109  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.999633  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 124 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1817  putative two-component response regulator  46.43 
 
 		 120 aa  107  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3088  response regulator receiver protein  40.52 
 
 		 120 aa  107  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.224006 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3018  response regulator receiver protein  46.79 
 
 		 123 aa  106  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.454082 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  42.61 
 
 		 121 aa  106  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2780  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.76051 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3337  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 121 aa  104  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 121 aa  104  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3990  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 146 aa  104  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.27172  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1234  response regulator receiver protein  41.74 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 120 aa  104  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1264  response regulator receiver protein  41.74 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0578681  hitchhiker  0.00155192 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1221  response regulator receiver domain-containing protein  41.9 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0717  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3661  response regulator receiver protein  45.3 
 
 		 120 aa  101  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1236  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  43.36 
 
 		 386 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.493129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3776  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 120 aa  101  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4345  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4285  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 122 aa  100  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0522  response regulator receiver domain-containing protein  41.88 
 
 		 120 aa  100  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.4  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 235 aa  99.4  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 235 aa  99.4  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  40.87 
 
 		 235 aa  99.4  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  38.6 
 
 		 1127 aa  98.6  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 231 aa  98.6  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4530  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.48 
 
 		 386 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 		 1468 aa  98.6  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4605  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 120 aa  97.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509614 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.23 
 
 		 306 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.67 
 
 		 230 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0504  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  41.38 
 
 		 427 aa  95.5  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.23 
 
 		 300 aa  95.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 		 407 aa  94.4  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  41.18 
 
 		 123 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1438  putative PAS/PAC sensor protein  46.09 
 
 		 393 aa  94.7  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.92182 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 322 aa  94.4  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0045  adenylate/guanylate cyclase  35.65 
 
 		 382 aa  94  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 234 aa  94  7e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>