283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1862 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  57.36 
 
 		 779 aa  909    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 773 aa  1602    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  44.69 
 
 		 781 aa  682    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  40.1 
 
 		 741 aa  527  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  34.22 
 
 		 778 aa  449  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 769 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1853  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 839 aa  426  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.239373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2188  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 841 aa  425  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1804  TonB-dependent receptor  34.66 
 
 		 839 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.451169 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 		 824 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 		 822 aa  422  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  33.04 
 
 		 741 aa  405  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 777 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 		 760 aa  393  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  33.77 
 
 		 777 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  33.77 
 
 		 777 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  33.29 
 
 		 788 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  32.31 
 
 		 801 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0687  TonB-dependent receptor  32.7 
 
 		 772 aa  376  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  31.31 
 
 		 797 aa  365  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6779  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 		 825 aa  356  6.999999999999999e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0654  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 826 aa  356  1e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 775 aa  350  8e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  30.14 
 
 		 787 aa  347  6e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 856 aa  342  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0955  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 802 aa  342  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00125718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0305  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 805 aa  340  5.9999999999999996e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 848 aa  340  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7523  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 825 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322865  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7039  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 821 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8022  TonB-dependent receptor  32.34 
 
 		 825 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 770 aa  323  9.000000000000001e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1787  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 		 813 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 873 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 873 aa  320  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 868 aa  318  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3150  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 807 aa  302  1e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 821 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2292  OM receptor TonB  27.89 
 
 		 935 aa  292  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  43.94 
 
 		 1188 aa  220  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2031  TonB-dependent receptor, plug  49.07 
 
 		 317 aa  167  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.773657 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  22.57 
 
 		 775 aa  124  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 694 aa  88.6  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.32 
 
 		 710 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 706 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 618 aa  73.2  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 653 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  20.39 
 
 		 706 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  26.32 
 
 		 653 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  26.77 
 
 		 653 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25.76 
 
 		 653 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  21.96 
 
 		 720 aa  68.6  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 681 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 728 aa  67.8  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 665 aa  67.8  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.39 
 
 		 630 aa  67  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 653 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 723 aa  66.6  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 708 aa  66.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 653 aa  65.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 656 aa  64.7  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 757 aa  64.7  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  26.24 
 
 		 706 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 602 aa  63.9  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.86 
 
 		 706 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 653 aa  63.9  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  25.86 
 
 		 706 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.18 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  21.97 
 
 		 779 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.86 
 
 		 721 aa  63.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 742 aa  63.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 700 aa  63.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.86 
 
 		 706 aa  63.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 700 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 700 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.18 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 700 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.59 
 
 		 726 aa  62.4  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  24.69 
 
 		 713 aa  62.4  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 700 aa  62.4  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 705 aa  62  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  25.25 
 
 		 680 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 634 aa  61.2  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.05 
 
 		 712 aa  60.5  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0044  TonB-dependent siderophore receptor  22.4 
 
 		 794 aa  60.1  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  24.03 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 772 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  23.53 
 
 		 821 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  25.16 
 
 		 647 aa  59.3  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.03 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  31.2 
 
 		 737 aa  59.7  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 736 aa  60.1  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.03 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  24.03 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>