90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4046 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  100 
 
 		 1222 aa  2410    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  58.92 
 
 		 908 aa  492  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  33.8 
 
 		 914 aa  211  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0296  hypothetical protein  97.2 
 
 		 107 aa  193  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  35.95 
 
 		 1122 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  44.44 
 
 		 1366 aa  187  8e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  43.81 
 
 		 1354 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  41.2 
 
 		 1380 aa  184  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  53.3 
 
 		 1527 aa  179  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  35.6 
 
 		 530 aa  179  3e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  31.86 
 
 		 1104 aa  174  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2082  tail length tape measure protein, internal deletion  74.31 
 
 		 277 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000504632  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  35.97 
 
 		 1318 aa  149  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  38.91 
 
 		 1366 aa  147  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  36.16 
 
 		 957 aa  145  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  35.15 
 
 		 1031 aa  142  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  38.01 
 
 		 1343 aa  142  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  36.23 
 
 		 1031 aa  141  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  37.21 
 
 		 513 aa  140  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  39.83 
 
 		 1644 aa  140  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  33.44 
 
 		 1028 aa  140  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  33.96 
 
 		 1028 aa  140  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  33.96 
 
 		 1028 aa  140  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  34.93 
 
 		 632 aa  126  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  34.55 
 
 		 1056 aa  125  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  33.33 
 
 		 1080 aa  125  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  33.71 
 
 		 1161 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  32.56 
 
 		 1282 aa  122  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  29.73 
 
 		 1451 aa  113  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  26.9 
 
 		 1167 aa  112  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  32.08 
 
 		 1021 aa  112  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  33.33 
 
 		 1095 aa  109  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  31.76 
 
 		 1063 aa  109  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  32.39 
 
 		 1075 aa  108  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  39.46 
 
 		 1137 aa  107  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  39.46 
 
 		 1137 aa  107  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  32.91 
 
 		 1080 aa  105  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  32.91 
 
 		 1080 aa  105  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  32.91 
 
 		 1080 aa  105  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  33.62 
 
 		 668 aa  102  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  32.76 
 
 		 671 aa  100  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  31.5 
 
 		 706 aa  92.8  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1349  lambda family phage tail tape measure protein  32.34 
 
 		 853 aa  89.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.179371 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  33.33 
 
 		 1251 aa  89.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  30.34 
 
 		 760 aa  87.4  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  29.1 
 
 		 611 aa  85.5  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  26.91 
 
 		 991 aa  83.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1577  lambda family phage tail tape measure protein  32.34 
 
 		 813 aa  84  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.017316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4103  hypothetical protein  31.14 
 
 		 814 aa  79.7  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  27.17 
 
 		 921 aa  77.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  42.22 
 
 		 612 aa  76.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  48.53 
 
 		 611 aa  74.3  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  26.04 
 
 		 853 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  35.25 
 
 		 915 aa  73.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  26.1 
 
 		 853 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  26.1 
 
 		 853 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  30.96 
 
 		 669 aa  73.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  36.29 
 
 		 1160 aa  72  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  24.51 
 
 		 881 aa  70.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  24.51 
 
 		 881 aa  70.5  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  34.78 
 
 		 1248 aa  69.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  41.46 
 
 		 1190 aa  69.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  24.65 
 
 		 857 aa  67.8  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  26.13 
 
 		 849 aa  67.8  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  32.71 
 
 		 794 aa  68.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  40.45 
 
 		 139 aa  65.5  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  31.69 
 
 		 1353 aa  65.5  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  24.25 
 
 		 859 aa  65.5  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  24.25 
 
 		 859 aa  65.5  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  23.34 
 
 		 970 aa  64.7  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  25.28 
 
 		 881 aa  63.2  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  24.19 
 
 		 870 aa  63.2  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  33.04 
 
 		 1203 aa  62.4  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  25.58 
 
 		 936 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  47.37 
 
 		 1263 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  48.48 
 
 		 1096 aa  61.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  24.81 
 
 		 881 aa  60.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  31.72 
 
 		 1285 aa  57  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1175  phage tail tape measure protein, TP901 family  44.44 
 
 		 1343 aa  56.6  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  40.23 
 
 		 1628 aa  55.5  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  43.1 
 
 		 1192 aa  54.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  42.53 
 
 		 701 aa  52.8  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  42.86 
 
 		 1120 aa  52.4  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  43.33 
 
 		 968 aa  51.2  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1056 aa  49.7  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  40 
 
 		 820 aa  49.3  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  41.18 
 
 		 1268 aa  47.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1517  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  28.21 
 
 		 924 aa  45.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.813512  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4246  dihydroxy-acid dehydratase  21.75 
 
 		 582 aa  45.4  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.704595 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0788  phage tape measure protein  27.84 
 
 		 866 aa  45.1  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>