55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1321 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  100 
 
 		 760 aa  1492    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  42.51 
 
 		 632 aa  349  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  44.59 
 
 		 671 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  43.04 
 
 		 668 aa  211  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  45.89 
 
 		 921 aa  210  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  45.58 
 
 		 915 aa  203  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  37.99 
 
 		 701 aa  143  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  42.59 
 
 		 1451 aa  134  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  31.53 
 
 		 530 aa  102  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  31.73 
 
 		 1318 aa  98.2  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  28.57 
 
 		 1366 aa  91.3  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  33.53 
 
 		 513 aa  89.7  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  27.53 
 
 		 1343 aa  89.7  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  27.06 
 
 		 991 aa  84.3  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  29.41 
 
 		 1354 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  28.51 
 
 		 1366 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  26.15 
 
 		 1380 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  29.96 
 
 		 1527 aa  75.1  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  26.78 
 
 		 1282 aa  72.8  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  44.53 
 
 		 783 aa  71.6  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  26.75 
 
 		 1095 aa  71.6  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  30.32 
 
 		 1644 aa  70.9  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  23.49 
 
 		 1080 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  33.8 
 
 		 706 aa  69.7  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  23.81 
 
 		 1075 aa  65.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  27.64 
 
 		 1056 aa  64.3  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  30.23 
 
 		 1222 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  28.74 
 
 		 794 aa  62.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  35.19 
 
 		 1251 aa  62.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  32.81 
 
 		 611 aa  62.4  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  26.32 
 
 		 1080 aa  61.2  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  26.32 
 
 		 1080 aa  61.2  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  26.32 
 
 		 1080 aa  61.2  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  33.33 
 
 		 341 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  31.44 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  32.82 
 
 		 669 aa  57.4  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  37.14 
 
 		 1521 aa  55.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  27.71 
 
 		 1137 aa  55.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  27.71 
 
 		 1137 aa  55.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  42.71 
 
 		 1190 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  53.06 
 
 		 1192 aa  51.2  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1880  hypothetical protein  36.54 
 
 		 698 aa  49.3  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.384763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  47.54 
 
 		 1032 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  27.15 
 
 		 1104 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  32.14 
 
 		 222 aa  48.9  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1248 aa  48.1  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5700  hypothetical protein  44.26 
 
 		 457 aa  47.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  45.9 
 
 		 1032 aa  47  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  40 
 
 		 1263 aa  46.6  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  36.23 
 
 		 1160 aa  45.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1606  hypothetical protein  63.33 
 
 		 682 aa  44.7  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  46.03 
 
 		 216 aa  44.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  44.44 
 
 		 1353 aa  44.3  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  30.81 
 
 		 219 aa  44.3  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  38.1 
 
 		 1203 aa  44.3  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>