57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1371 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  100 
 
 
794 aa  1571    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  71.86 
 
 
781 aa  997    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  53.87 
 
 
669 aa  278  4e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  45.08 
 
 
701 aa  277  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1646  hypothetical protein  58.82 
 
 
623 aa  239  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.327516  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  46.6 
 
 
921 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1884  hypothetical protein  35.52 
 
 
811 aa  160  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.505665  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  44.51 
 
 
632 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  44.2 
 
 
671 aa  100  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  43.48 
 
 
668 aa  100  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  30.49 
 
 
915 aa  89  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1231  hypothetical protein  45.71 
 
 
647 aa  85.1  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  41.88 
 
 
1032 aa  78.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  35.85 
 
 
1160 aa  77.8  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  42.33 
 
 
1032 aa  77.4  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  33.55 
 
 
1190 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5700  hypothetical protein  43.24 
 
 
457 aa  75.5  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  32.68 
 
 
1263 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  30.6 
 
 
1248 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  36.55 
 
 
914 aa  69.3  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  28.3 
 
 
1203 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  35.71 
 
 
1353 aa  65.5  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  48.05 
 
 
1096 aa  63.5  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  27.75 
 
 
1192 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  40.74 
 
 
908 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  58.18 
 
 
139 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  30.74 
 
 
1285 aa  58.2  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
859 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
881 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
881 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
859 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
881 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  59.57 
 
 
881 aa  57.8  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  59.57 
 
 
870 aa  57.8  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3962  hypothetical protein  28.72 
 
 
671 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.443491 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  62.5 
 
 
853 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  62.5 
 
 
853 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  62.5 
 
 
853 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  62.5 
 
 
849 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  62.5 
 
 
857 aa  55.1  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  30.56 
 
 
1122 aa  55.1  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  45.45 
 
 
1167 aa  54.3  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  37.59 
 
 
968 aa  52.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0293  hypothetical protein  32.38 
 
 
1164 aa  51.6  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  28.05 
 
 
1222 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3161  hypothetical protein  29.59 
 
 
828 aa  51.2  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2736  hypothetical protein  24.73 
 
 
756 aa  49.3  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  47.17 
 
 
1268 aa  49.3  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  26.15 
 
 
820 aa  47.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  29.2 
 
 
341 aa  46.2  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1311  hypothetical protein  26.98 
 
 
735 aa  45.8  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2089  hypothetical protein  26.98 
 
 
735 aa  45.8  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5968  hypothetical protein  32.65 
 
 
422 aa  45.8  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0115219  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  29.41 
 
 
760 aa  45.4  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1281  hypothetical protein  23.49 
 
 
824 aa  44.7  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3036  peptidase M23B  52.38 
 
 
1155 aa  44.7  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1175  phage tail tape measure protein, TP901 family  38.67 
 
 
1343 aa  44.7  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>