47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0819 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1657  hypothetical protein  93.77 
 
 		 1508 aa  1504    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1611  hypothetical protein  94.35 
 
 		 1507 aa  1504    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.405784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  100 
 
 		 1451 aa  2852    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2059  phage tail tape measure protein  34.08 
 
 		 1673 aa  301  4e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1636  lambda family phage tail tape measure protein  33.92 
 
 		 1668 aa  278  6e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  43.28 
 
 		 632 aa  159  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  40.91 
 
 		 668 aa  159  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  37.99 
 
 		 671 aa  158  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  37.09 
 
 		 915 aa  149  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3791  hypothetical protein  29.92 
 
 		 1724 aa  147  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  37.7 
 
 		 921 aa  142  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3328  hypothetical protein  29.64 
 
 		 1632 aa  140  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.053568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  40.17 
 
 		 760 aa  133  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3368  hypothetical protein  30.61 
 
 		 1724 aa  132  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  34.42 
 
 		 1644 aa  125  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  39.56 
 
 		 1343 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  38.67 
 
 		 1318 aa  123  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  38.67 
 
 		 513 aa  123  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  35.66 
 
 		 1366 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  27.71 
 
 		 1056 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  29.7 
 
 		 530 aa  110  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  36.49 
 
 		 1527 aa  110  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  32.74 
 
 		 1354 aa  106  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  33.18 
 
 		 1366 aa  104  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  28.53 
 
 		 1835 aa  102  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  29.91 
 
 		 1137 aa  100  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  29.91 
 
 		 1137 aa  100  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  33.46 
 
 		 1251 aa  99.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  28.26 
 
 		 1906 aa  99.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  30.06 
 
 		 1222 aa  99.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  29.7 
 
 		 1095 aa  98.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  29.49 
 
 		 1380 aa  94  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  30.43 
 
 		 991 aa  91.3  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  25.39 
 
 		 1282 aa  83.6  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0634  hypothetical protein  33.5 
 
 		 691 aa  80.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.486011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  30.56 
 
 		 1075 aa  77.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  29.95 
 
 		 1080 aa  77  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  29.95 
 
 		 1080 aa  77  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  29.95 
 
 		 1080 aa  77  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  27.68 
 
 		 1080 aa  76.3  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  33.09 
 
 		 706 aa  67.8  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  26.53 
 
 		 611 aa  64.3  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  31.03 
 
 		 820 aa  61.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  25.48 
 
 		 1104 aa  58.5  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  36.96 
 
 		 1707 aa  58.2  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0788  phage tape measure protein  28.07 
 
 		 866 aa  54.3  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2994  hypothetical protein  34.86 
 
 		 717 aa  52.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>