41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3596 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  100 
 
 		 632 aa  1259    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  43.1 
 
 		 760 aa  344  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  47.49 
 
 		 668 aa  223  8e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  47.49 
 
 		 671 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  46.6 
 
 		 921 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  42.25 
 
 		 915 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  42.11 
 
 		 1451 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  46.63 
 
 		 669 aa  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  36.32 
 
 		 1318 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  34.91 
 
 		 513 aa  117  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  34.91 
 
 		 1366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  33.96 
 
 		 1343 aa  114  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  32.08 
 
 		 1354 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  35.81 
 
 		 1527 aa  106  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  32.06 
 
 		 1366 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  30.81 
 
 		 530 aa  101  3e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  34.93 
 
 		 1222 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  44.51 
 
 		 794 aa  97.4  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  30.14 
 
 		 1380 aa  95.9  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  28.84 
 
 		 1282 aa  89  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  28.77 
 
 		 1095 aa  88.2  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  32.86 
 
 		 1644 aa  87.8  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  32.46 
 
 		 1251 aa  82.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  40.32 
 
 		 781 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  27.14 
 
 		 1080 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  27.47 
 
 		 1080 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  27.47 
 
 		 1080 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  27.47 
 
 		 1080 aa  74.7  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  29.17 
 
 		 1104 aa  73.6  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  27.72 
 
 		 701 aa  73.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  24.76 
 
 		 1056 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  26.23 
 
 		 1075 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1657  hypothetical protein  78.95 
 
 		 1508 aa  72.8  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1611  hypothetical protein  76.32 
 
 		 1507 aa  71.6  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.405784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  26.14 
 
 		 611 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  33.05 
 
 		 706 aa  68.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  26.94 
 
 		 991 aa  65.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  27.46 
 
 		 1137 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  27.46 
 
 		 1137 aa  63.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1646  hypothetical protein  33.99 
 
 		 623 aa  49.3  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.327516  normal  0.459319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  28.02 
 
 		 341 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>