50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1000 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  100 
 
 		 991 aa  1960    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  35.95 
 
 		 915 aa  236  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  37.31 
 
 		 921 aa  235  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  28.36 
 
 		 1095 aa  120  9e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  29.84 
 
 		 1366 aa  118  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  88.33 
 
 		 968 aa  117  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  28.79 
 
 		 1343 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  28.12 
 
 		 513 aa  112  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  28.57 
 
 		 1318 aa  111  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  29.39 
 
 		 1354 aa  106  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  29.09 
 
 		 1366 aa  103  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  25.59 
 
 		 530 aa  101  8e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  24.77 
 
 		 1080 aa  100  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  27.41 
 
 		 1075 aa  99.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  28.12 
 
 		 1380 aa  92.4  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  27.02 
 
 		 1080 aa  92.8  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  27.02 
 
 		 1080 aa  92.8  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  27.02 
 
 		 1080 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  30.31 
 
 		 1451 aa  88.6  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  29.3 
 
 		 1251 aa  85.1  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  26.97 
 
 		 1056 aa  84.3  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  28.17 
 
 		 1644 aa  82.4  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  26.69 
 
 		 1527 aa  79.7  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  34.69 
 
 		 341 aa  79  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  27.06 
 
 		 760 aa  77.4  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  30.43 
 
 		 1137 aa  73.9  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  30.43 
 
 		 1137 aa  73.9  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  23.34 
 
 		 1282 aa  74.3  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5968  hypothetical protein  36.31 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0115219  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  26.52 
 
 		 611 aa  65.9  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  27.55 
 
 		 632 aa  65.1  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  24.39 
 
 		 706 aa  64.7  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  23.45 
 
 		 668 aa  58.9  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  27.47 
 
 		 1222 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2008  hypothetical protein  31.1 
 
 		 735 aa  57  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.904662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7316  hypothetical protein  29.27 
 
 		 674 aa  56.2  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  22.79 
 
 		 671 aa  54.7  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1993  hypothetical protein  60 
 
 		 191 aa  53.1  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0769561  hitchhiker  0.00451154 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3355  putative tape measure protein  26.7 
 
 		 775 aa  52.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3128  hypothetical protein  56.76 
 
 		 193 aa  50.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3161  hypothetical protein  27.96 
 
 		 828 aa  48.5  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3315  Phage tail tape measure protein  37.25 
 
 		 858 aa  48.1  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157558  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7153  prophage tail length tape measure  37.5 
 
 		 913 aa  47.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0553544 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0929  hypothetical protein  53.33 
 
 		 174 aa  47.4  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.333514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2320  phage tape measure protein  28.27 
 
 		 792 aa  47  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.722724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1388  hypothetical protein  23.27 
 
 		 346 aa  47.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1076  tail tape meausure protein, putative  46.03 
 
 		 974 aa  46.6  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  51.28 
 
 		 1628 aa  45.8  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  26.14 
 
 		 1115 aa  45.4  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  57.58 
 
 		 957 aa  45.1  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>