40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0372 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  100 
 
 		 968 aa  1932    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  98.04 
 
 		 991 aa  114  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  48.34 
 
 		 921 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3368  hypothetical protein  32.17 
 
 		 1724 aa  101  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  41.76 
 
 		 701 aa  100  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3791  hypothetical protein  32.52 
 
 		 1724 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  32.2 
 
 		 914 aa  96.3  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  33.01 
 
 		 1192 aa  94  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  67.74 
 
 		 1285 aa  89.4  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  42.86 
 
 		 915 aa  84.7  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  34.29 
 
 		 1190 aa  81.6  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  46.4 
 
 		 781 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  66.67 
 
 		 1268 aa  79.7  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  30.94 
 
 		 1122 aa  78.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0293  hypothetical protein  31.27 
 
 		 1164 aa  71.2  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  42.06 
 
 		 1248 aa  68.2  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  58.06 
 
 		 1160 aa  68.2  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  46.67 
 
 		 1096 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  38.05 
 
 		 669 aa  66.6  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  41.46 
 
 		 1203 aa  63.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3521  putative transmembrane protein  39.82 
 
 		 230 aa  62.4  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4158  hypothetical protein  37.96 
 
 		 566 aa  62  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  37.4 
 
 		 1353 aa  61.2  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  37.21 
 
 		 1263 aa  60.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  38.24 
 
 		 794 aa  60.1  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0566  hypothetical protein  36.7 
 
 		 252 aa  59.7  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  50.6 
 
 		 139 aa  58.9  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1657  hypothetical protein  22.34 
 
 		 1508 aa  56.6  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4117  putative transmembrane protein  34.95 
 
 		 200 aa  55.5  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.749618  normal  0.156903 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1611  hypothetical protein  22.31 
 
 		 1507 aa  55.5  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.405784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  31.29 
 
 		 908 aa  53.5  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  50.88 
 
 		 1120 aa  51.6  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1230  hypothetical protein  29.69 
 
 		 726 aa  50.1  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.909152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0443  hypothetical protein  33.61 
 
 		 945 aa  49.3  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.616672  normal  0.0723383 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  42.65 
 
 		 1628 aa  48.5  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1814  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  34.29 
 
 		 677 aa  48.1  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1636  putative transmembrane protein  54.55 
 
 		 271 aa  46.6  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.112405 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3902  hypothetical protein  31.07 
 
 		 339 aa  45.4  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0303474  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4138  hypothetical protein  31.07 
 
 		 191 aa  45.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000136425  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1175  phage tail tape measure protein, TP901 family  42.62 
 
 		 1343 aa  44.7  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>