84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2953 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  100 
 
 		 914 aa  1841    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  78.58 
 
 		 1122 aa  1379    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  37.17 
 
 		 908 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  37.95 
 
 		 957 aa  360  9e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  30.87 
 
 		 1063 aa  347  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  34.17 
 
 		 970 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  31.14 
 
 		 1028 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  31.14 
 
 		 1028 aa  300  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  31.14 
 
 		 1028 aa  299  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  31.56 
 
 		 1031 aa  298  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  31.56 
 
 		 1031 aa  297  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  30.92 
 
 		 1161 aa  287  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  28.16 
 
 		 1167 aa  255  3e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  29.9 
 
 		 1021 aa  245  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2235  prophage tail length tape measure  33.43 
 
 		 1113 aa  236  1.0000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3255  prophage tail length tape measure  49.46 
 
 		 1555 aa  234  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0755523  decreased coverage  0.000000000000332378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  48.8 
 
 		 1835 aa  229  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  28.17 
 
 		 853 aa  219  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  28.17 
 
 		 853 aa  219  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  28.5 
 
 		 849 aa  215  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  28.17 
 
 		 853 aa  215  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  33.48 
 
 		 1906 aa  213  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  27.93 
 
 		 859 aa  210  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  27.93 
 
 		 859 aa  210  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  28.16 
 
 		 857 aa  205  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  33.4 
 
 		 1222 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  33.92 
 
 		 1707 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  42.76 
 
 		 921 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  32.42 
 
 		 881 aa  112  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  30.32 
 
 		 870 aa  112  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  32.42 
 
 		 881 aa  112  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  57.45 
 
 		 1285 aa  109  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  28.33 
 
 		 1354 aa  107  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  28.33 
 
 		 1366 aa  107  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  25.16 
 
 		 936 aa  105  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2277  putative phage tail protein  41.48 
 
 		 342 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  48.98 
 
 		 1268 aa  98.2  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  37.58 
 
 		 1190 aa  92.8  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  32.88 
 
 		 968 aa  92.8  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  38.17 
 
 		 915 aa  88.2  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  52.33 
 
 		 701 aa  87.8  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  32.16 
 
 		 1380 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0293  hypothetical protein  39.87 
 
 		 1164 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  27.65 
 
 		 1080 aa  85.5  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  27.65 
 
 		 1080 aa  85.5  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  37.32 
 
 		 1192 aa  85.1  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  27.05 
 
 		 1080 aa  85.1  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  27.05 
 
 		 1080 aa  84.7  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  29.78 
 
 		 1263 aa  84.7  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  40.31 
 
 		 1096 aa  78.2  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  26.34 
 
 		 1075 aa  78.2  0.0000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6230  hypothetical protein  45.16 
 
 		 1248 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  23.96 
 
 		 1353 aa  75.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0288  hypothetical protein  43.61 
 
 		 781 aa  75.5  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 		 1160 aa  75.1  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  31.16 
 
 		 881 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  31.16 
 
 		 881 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1349  lambda family phage tail tape measure protein  31.43 
 
 		 853 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.179371 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7153  prophage tail length tape measure  25.33 
 
 		 913 aa  72  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0553544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  33.33 
 
 		 669 aa  71.6  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  40.52 
 
 		 139 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  33.33 
 
 		 794 aa  69.7  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3717  hypothetical protein  23.97 
 
 		 1127 aa  66.6  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.417403 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  26.78 
 
 		 1115 aa  67  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  25.89 
 
 		 1032 aa  65.1  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  30.19 
 
 		 1251 aa  64.7  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  39.45 
 
 		 783 aa  62.4  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  27.86 
 
 		 1203 aa  62  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  27.42 
 
 		 1104 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  26.56 
 
 		 612 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  29.11 
 
 		 1056 aa  59.7  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  26.56 
 
 		 611 aa  59.7  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  50 
 
 		 1120 aa  59.3  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  26.21 
 
 		 1032 aa  58.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2082  tail length tape measure protein, internal deletion  34.1 
 
 		 277 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000504632  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1311  hypothetical protein  29.48 
 
 		 735 aa  57.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2089  hypothetical protein  29.48 
 
 		 735 aa  57.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0274  hypothetical protein  30.99 
 
 		 419 aa  56.2  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  43.86 
 
 		 1095 aa  54.7  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1577  lambda family phage tail tape measure protein  31.97 
 
 		 813 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.017316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4103  hypothetical protein  29.66 
 
 		 814 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  44.23 
 
 		 1521 aa  47.8  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1889  hypothetical protein  37.5 
 
 		 1006 aa  45.4  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.405118  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0929  hypothetical protein  31.31 
 
 		 174 aa  45.1  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.333514 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>