73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1690 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  100 
 
 		 957 aa  1897    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  36.8 
 
 		 914 aa  395  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  36.86 
 
 		 1122 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  35.1 
 
 		 908 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  42.29 
 
 		 1835 aa  271  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  30.81 
 
 		 1063 aa  258  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  31.41 
 
 		 1161 aa  249  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  28.9 
 
 		 1028 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  28.34 
 
 		 1031 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  28.71 
 
 		 1028 aa  246  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  28.37 
 
 		 1028 aa  243  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  28.22 
 
 		 1031 aa  243  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  32.58 
 
 		 1906 aa  240  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  28.54 
 
 		 1167 aa  233  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  28.32 
 
 		 1021 aa  228  6e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2235  prophage tail length tape measure  38.05 
 
 		 1113 aa  216  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  40.85 
 
 		 970 aa  207  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3255  prophage tail length tape measure  32.95 
 
 		 1555 aa  203  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0755523  decreased coverage  0.000000000000332378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  36.19 
 
 		 1222 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  29.23 
 
 		 859 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  29.23 
 
 		 859 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  26.87 
 
 		 853 aa  148  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  27.18 
 
 		 853 aa  147  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  27.18 
 
 		 853 aa  147  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  26.92 
 
 		 857 aa  145  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  25.94 
 
 		 849 aa  145  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  31.8 
 
 		 1380 aa  127  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  32.6 
 
 		 1354 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  32.6 
 
 		 1366 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  25.99 
 
 		 1707 aa  106  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  31.86 
 
 		 1104 aa  94  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  30.49 
 
 		 1056 aa  89  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  36.61 
 
 		 611 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  38.46 
 
 		 612 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  31.03 
 
 		 1251 aa  75.9  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  26.42 
 
 		 1080 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  26.42 
 
 		 1080 aa  73.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  25.68 
 
 		 1080 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  25.68 
 
 		 1080 aa  72.8  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1716  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  30.98 
 
 		 924 aa  72  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.309525  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3691  hypothetical protein  46.43 
 
 		 902 aa  69.7  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1517  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  29.89 
 
 		 924 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.813512  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  25.48 
 
 		 1115 aa  66.6  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  24.89 
 
 		 1285 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  22.69 
 
 		 936 aa  62  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2277  putative phage tail protein  48.33 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  24.8 
 
 		 1353 aa  58.9  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1076  tail tape meausure protein, putative  58.14 
 
 		 974 aa  58.9  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3494  hypothetical protein  60.53 
 
 		 852 aa  58.2  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0571399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  26.12 
 
 		 1263 aa  58.2  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  40.59 
 
 		 781 aa  57.4  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0929  hypothetical protein  30.25 
 
 		 174 aa  57.4  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.333514 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1312  hypothetical protein  50.79 
 
 		 472 aa  55.1  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1096 aa  54.7  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  41.89 
 
 		 783 aa  54.3  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3128  hypothetical protein  49.23 
 
 		 193 aa  54.3  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  27.83 
 
 		 1032 aa  53.5  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  25.63 
 
 		 1190 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  27.75 
 
 		 1032 aa  52.4  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2082  tail length tape measure protein, internal deletion  37.25 
 
 		 277 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000504632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  66.67 
 
 		 743 aa  48.9  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3315  Phage tail tape measure protein  58.54 
 
 		 858 aa  49.3  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157558  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  53.49 
 
 		 668 aa  48.5  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1230  hypothetical protein  33.68 
 
 		 726 aa  48.1  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.909152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  28.57 
 
 		 1056 aa  48.1  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  25.77 
 
 		 1203 aa  48.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1993  hypothetical protein  51.72 
 
 		 191 aa  47  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0769561  hitchhiker  0.00451154 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  57.58 
 
 		 991 aa  46.2  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  42.37 
 
 		 820 aa  45.8  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  32.58 
 
 		 1521 aa  46.2  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  53.49 
 
 		 671 aa  45.8  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  25.3 
 
 		 1075 aa  45.8  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2008  hypothetical protein  48.84 
 
 		 735 aa  44.3  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.904662  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>