51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2235 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2235  prophage tail length tape measure  100 
 
 		 1113 aa  2173    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  38.58 
 
 		 1122 aa  289  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  33.15 
 
 		 914 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  44.78 
 
 		 1835 aa  252  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  44.04 
 
 		 957 aa  252  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3255  prophage tail length tape measure  51.82 
 
 		 1555 aa  241  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0755523  decreased coverage  0.000000000000332378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  53.28 
 
 		 1906 aa  239  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  42.95 
 
 		 908 aa  225  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  43.77 
 
 		 970 aa  213  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  29.87 
 
 		 1063 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  29.61 
 
 		 1161 aa  186  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  37.13 
 
 		 1028 aa  142  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  37.13 
 
 		 1028 aa  142  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  29.61 
 
 		 853 aa  141  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  29.57 
 
 		 849 aa  141  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  37.13 
 
 		 1028 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  29.05 
 
 		 853 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  29.05 
 
 		 853 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  37.55 
 
 		 1031 aa  138  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  37.13 
 
 		 1031 aa  137  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  33.66 
 
 		 859 aa  132  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  33.66 
 
 		 859 aa  132  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  27.89 
 
 		 857 aa  132  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  32.08 
 
 		 1167 aa  131  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  35.53 
 
 		 1021 aa  115  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7153  prophage tail length tape measure  23.94 
 
 		 913 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0553544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  36.29 
 
 		 1707 aa  68.6  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  28.14 
 
 		 1115 aa  65.9  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2277  putative phage tail protein  58.82 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  41.41 
 
 		 1080 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  41.41 
 
 		 1080 aa  58.5  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  41.41 
 
 		 1080 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  41.41 
 
 		 1080 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  41.77 
 
 		 783 aa  57  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2089  hypothetical protein  37.61 
 
 		 735 aa  56.6  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1311  hypothetical protein  37.61 
 
 		 735 aa  56.6  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  26.71 
 
 		 1032 aa  53.5  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  50 
 
 		 1075 aa  52.8  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  28.16 
 
 		 1032 aa  51.2  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1378  hypothetical protein  31.73 
 
 		 311 aa  48.9  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  26.52 
 
 		 881 aa  47.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  27.52 
 
 		 881 aa  47.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  33.81 
 
 		 611 aa  47.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  27.52 
 
 		 881 aa  48.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  26.52 
 
 		 881 aa  47.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  26.52 
 
 		 870 aa  47.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  53.49 
 
 		 938 aa  47  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  47.17 
 
 		 1095 aa  46.6  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  33.09 
 
 		 612 aa  46.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  52.63 
 
 		 199 aa  46.2  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  48.39 
 
 		 219 aa  46.2  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>