84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2780 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  100 
 
 		 1161 aa  2291    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  39.64 
 
 		 1063 aa  682    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  29.58 
 
 		 914 aa  344  5e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  29.15 
 
 		 1122 aa  324  5e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  31.59 
 
 		 1031 aa  282  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  31.46 
 
 		 1028 aa  280  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  31.26 
 
 		 908 aa  242  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  30.71 
 
 		 957 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  41.39 
 
 		 1104 aa  213  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  28.23 
 
 		 1021 aa  213  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  25.41 
 
 		 1167 aa  178  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  37.16 
 
 		 612 aa  163  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  37.83 
 
 		 611 aa  162  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2235  prophage tail length tape measure  29.55 
 
 		 1113 aa  161  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  39.15 
 
 		 1028 aa  157  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  38.21 
 
 		 1028 aa  151  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  38.35 
 
 		 1031 aa  149  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  41.67 
 
 		 1906 aa  148  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  39.79 
 
 		 1835 aa  139  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  53.54 
 
 		 970 aa  139  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  25.68 
 
 		 853 aa  128  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  25.45 
 
 		 853 aa  124  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  25.45 
 
 		 853 aa  124  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  35.47 
 
 		 1222 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  30.41 
 
 		 1251 aa  117  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3255  prophage tail length tape measure  34.17 
 
 		 1555 aa  116  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0755523  decreased coverage  0.000000000000332378 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  24.75 
 
 		 857 aa  115  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  26.28 
 
 		 849 aa  115  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  25.19 
 
 		 859 aa  114  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  25.19 
 
 		 859 aa  114  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  30.03 
 
 		 1080 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  30.03 
 
 		 1080 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  30.03 
 
 		 1080 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  30.03 
 
 		 1080 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  28.77 
 
 		 1075 aa  97.4  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  35.54 
 
 		 1707 aa  93.6  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7153  prophage tail length tape measure  25.4 
 
 		 913 aa  92  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0553544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  26.91 
 
 		 1095 aa  86.7  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2277  putative phage tail protein  34.56 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  45.68 
 
 		 881 aa  75.9  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  45.68 
 
 		 881 aa  75.9  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  45.26 
 
 		 870 aa  75.5  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  45.68 
 
 		 881 aa  75.5  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  45.68 
 
 		 881 aa  75.5  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  28.22 
 
 		 1380 aa  72.4  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  22.58 
 
 		 936 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  24.05 
 
 		 938 aa  71.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  25.28 
 
 		 1366 aa  66.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  25.28 
 
 		 1354 aa  65.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  44.44 
 
 		 222 aa  63.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  32.58 
 
 		 194 aa  62.4  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  33.14 
 
 		 205 aa  61.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  45.45 
 
 		 192 aa  61.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  48.81 
 
 		 199 aa  60.8  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  49.33 
 
 		 188 aa  61.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  33.33 
 
 		 195 aa  60.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  47.5 
 
 		 222 aa  59.3  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4676  hypothetical protein  45.71 
 
 		 1609 aa  57.4  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  42.68 
 
 		 219 aa  57.4  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  32.58 
 
 		 196 aa  57.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  37.65 
 
 		 181 aa  56.6  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  37.65 
 
 		 189 aa  56.6  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  47.83 
 
 		 190 aa  56.6  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  31.41 
 
 		 197 aa  56.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  46.07 
 
 		 216 aa  55.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  44.94 
 
 		 217 aa  55.1  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  33.12 
 
 		 194 aa  54.3  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  47.37 
 
 		 223 aa  54.3  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  46.07 
 
 		 206 aa  54.3  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1844  hypothetical protein  27.83 
 
 		 911 aa  52.8  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00878784  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  40 
 
 		 208 aa  52.8  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1517  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  40.51 
 
 		 924 aa  52.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.813512  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  28.12 
 
 		 1115 aa  51.6  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  27.01 
 
 		 1192 aa  51.6  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  28.44 
 
 		 1056 aa  50.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  23.69 
 
 		 1190 aa  48.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  24.36 
 
 		 1263 aa  48.1  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  23.77 
 
 		 1353 aa  48.1  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  38.66 
 
 		 208 aa  47.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  38.66 
 
 		 208 aa  47.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  39.22 
 
 		 820 aa  47  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  35.11 
 
 		 783 aa  47  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3581  TMP repeat-containing protein  48.94 
 
 		 1206 aa  47  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  23.38 
 
 		 1521 aa  44.7  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>