48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0915 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  100 
 
 
205 aa  390  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  42.86 
 
 
223 aa  157  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  46.28 
 
 
222 aa  153  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  45.1 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  44.61 
 
 
216 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  47.13 
 
 
222 aa  134  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  50.63 
 
 
189 aa  134  8e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  50.63 
 
 
181 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.65 
 
 
196 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  47.85 
 
 
217 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  48.45 
 
 
190 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  46.5 
 
 
219 aa  124  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  40.98 
 
 
197 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  40.96 
 
 
194 aa  122  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  39.89 
 
 
188 aa  121  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  47.09 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  41.05 
 
 
195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  45.73 
 
 
192 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  44.05 
 
 
208 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.2 
 
 
208 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.2 
 
 
208 aa  112  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  35.98 
 
 
194 aa  106  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  40.2 
 
 
1021 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  49.37 
 
 
938 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  46.67 
 
 
1031 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  46.67 
 
 
1031 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7316  hypothetical protein  34.25 
 
 
674 aa  62  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198357  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  33.14 
 
 
1161 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  42.5 
 
 
1080 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  42.5 
 
 
1080 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  42.5 
 
 
1080 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  42.5 
 
 
1080 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  44 
 
 
1028 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  44 
 
 
1028 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  44 
 
 
1028 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  34.53 
 
 
1075 aa  58.2  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  31.43 
 
 
341 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  43.59 
 
 
1104 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5968  hypothetical protein  33.17 
 
 
422 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0115219  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  47.37 
 
 
1063 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  47.78 
 
 
611 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  50.79 
 
 
612 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2008  hypothetical protein  29.87 
 
 
735 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.904662  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  38.24 
 
 
1095 aa  46.2  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  33.65 
 
 
1251 aa  45.4  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1844  hypothetical protein  48.84 
 
 
911 aa  44.7  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00878784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3581  TMP repeat-containing protein  28.91 
 
 
1206 aa  42  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2688  phage protein  47.62 
 
 
721 aa  41.6  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>