42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1820 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  100 
 
 		 195 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  71.43 
 
 		 194 aa  271  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  70.53 
 
 		 188 aa  263  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  72.45 
 
 		 194 aa  259  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  68.65 
 
 		 197 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  71.35 
 
 		 196 aa  247  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.23 
 
 		 190 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  44.16 
 
 		 199 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  39.2 
 
 		 208 aa  125  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.55 
 
 		 192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  40.8 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  40.11 
 
 		 223 aa  121  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  39.8 
 
 		 208 aa  120  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  38.07 
 
 		 189 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  41.05 
 
 		 205 aa  120  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  38.07 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  38.31 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  40.78 
 
 		 222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  39.46 
 
 		 222 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  41.76 
 
 		 219 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  39.8 
 
 		 217 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  37.81 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  35.91 
 
 		 1063 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  63.64 
 
 		 1104 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  32.34 
 
 		 1161 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  46.07 
 
 		 1075 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  34.46 
 
 		 611 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  33.78 
 
 		 612 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  38.38 
 
 		 1080 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  38.38 
 
 		 1080 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  38.38 
 
 		 1080 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  38.38 
 
 		 1080 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  50 
 
 		 1031 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  50 
 
 		 1031 aa  54.7  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  55 
 
 		 1095 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  52.08 
 
 		 1021 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  34.11 
 
 		 1028 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  47.92 
 
 		 1028 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  47.92 
 
 		 1028 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  47.06 
 
 		 341 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  56.82 
 
 		 938 aa  48.5  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7316  hypothetical protein  29.56 
 
 		 674 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>