70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3933 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  100 
 
 		 1104 aa  2176    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  42.05 
 
 		 1161 aa  243  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  39.86 
 
 		 1063 aa  181  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  26.1 
 
 		 1080 aa  178  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  30.89 
 
 		 1222 aa  169  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  25.41 
 
 		 1080 aa  163  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  25.19 
 
 		 1080 aa  162  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  25.19 
 
 		 1080 aa  162  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  32.91 
 
 		 1028 aa  139  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  32.81 
 
 		 1028 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  32.81 
 
 		 1028 aa  135  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  34.62 
 
 		 1031 aa  135  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  34.62 
 
 		 1031 aa  135  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  35.71 
 
 		 612 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  36.96 
 
 		 611 aa  122  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  30.53 
 
 		 1021 aa  115  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  27.59 
 
 		 1075 aa  98.2  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  27.53 
 
 		 1251 aa  97.8  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  26.1 
 
 		 1380 aa  90.9  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  26.51 
 
 		 1318 aa  89  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  29.8 
 
 		 1366 aa  85.9  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  26.1 
 
 		 513 aa  84  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  28.69 
 
 		 908 aa  81.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  34.07 
 
 		 957 aa  81.3  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  25.24 
 
 		 1354 aa  80.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  24.76 
 
 		 1366 aa  78.2  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  29.17 
 
 		 632 aa  74.7  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  27.18 
 
 		 1095 aa  74.7  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  61.02 
 
 		 181 aa  73.2  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  61.02 
 
 		 189 aa  73.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  24 
 
 		 915 aa  72.8  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  59.68 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  33.77 
 
 		 194 aa  69.7  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  43.43 
 
 		 195 aa  68.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  50 
 
 		 199 aa  68.9  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  23.88 
 
 		 921 aa  68.9  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  27.73 
 
 		 1122 aa  68.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  55.56 
 
 		 197 aa  67.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  44.55 
 
 		 219 aa  67.4  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  27.76 
 
 		 914 aa  67.4  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  22.38 
 
 		 530 aa  67.8  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  55.56 
 
 		 188 aa  67.4  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  26.22 
 
 		 1451 aa  67.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  51.72 
 
 		 938 aa  65.5  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  47.78 
 
 		 222 aa  65.1  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  46.07 
 
 		 222 aa  62.8  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  64.29 
 
 		 194 aa  62.4  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  32.82 
 
 		 936 aa  61.6  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  50 
 
 		 190 aa  61.6  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  25.41 
 
 		 1527 aa  58.9  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  49.41 
 
 		 216 aa  57.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  43.53 
 
 		 205 aa  57  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  28.82 
 
 		 1056 aa  57  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  49.41 
 
 		 206 aa  57  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  43.75 
 
 		 223 aa  56.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  23.74 
 
 		 1644 aa  55.8  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1349  lambda family phage tail tape measure protein  25 
 
 		 853 aa  54.3  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.179371 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  46.99 
 
 		 217 aa  54.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1889  hypothetical protein  41.18 
 
 		 1006 aa  53.9  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.405118  normal  0.121372 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  25.76 
 
 		 760 aa  53.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.38 
 
 		 192 aa  53.1  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0274  hypothetical protein  26.4 
 
 		 419 aa  52.8  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  22.37 
 
 		 1056 aa  52.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.97 
 
 		 208 aa  52.8  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.97 
 
 		 208 aa  52.4  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  46.97 
 
 		 208 aa  52.4  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  20.21 
 
 		 671 aa  48.9  0.0005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  20.21 
 
 		 668 aa  47.4  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4676  hypothetical protein  38.67 
 
 		 1609 aa  45.4  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  23.27 
 
 		 1282 aa  44.7  0.01  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>