50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3462 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  100 
 
 		 196 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  88.48 
 
 		 197 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  71.12 
 
 		 188 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  67.53 
 
 		 194 aa  252  3e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  68.37 
 
 		 195 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  66.49 
 
 		 194 aa  234  7e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  54.6 
 
 		 190 aa  144  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  47.43 
 
 		 199 aa  137  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.39 
 
 		 208 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  43.96 
 
 		 205 aa  132  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  42.86 
 
 		 208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  42.86 
 
 		 208 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  43.09 
 
 		 222 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  45.51 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  45.51 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  42.71 
 
 		 192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  42.47 
 
 		 223 aa  125  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  43.75 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  41.82 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  40.21 
 
 		 206 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  39.15 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  38.62 
 
 		 217 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  39.33 
 
 		 1063 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  65.91 
 
 		 1104 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  34.65 
 
 		 1080 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  34.42 
 
 		 1021 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  47.62 
 
 		 1031 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  47.62 
 
 		 1031 aa  62.8  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  34.65 
 
 		 1080 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  34.65 
 
 		 1080 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  34.65 
 
 		 1080 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  31.37 
 
 		 611 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  33.97 
 
 		 612 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  41 
 
 		 1075 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  31.46 
 
 		 1161 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  53.06 
 
 		 1028 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  53.06 
 
 		 1028 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  53.06 
 
 		 1028 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  40.4 
 
 		 938 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7316  hypothetical protein  32.12 
 
 		 674 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198357  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  52.5 
 
 		 1095 aa  51.2  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  28.19 
 
 		 341 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1844  hypothetical protein  28.99 
 
 		 911 aa  50.1  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00878784  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2008  hypothetical protein  30.39 
 
 		 735 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.904662  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2688  phage protein  50 
 
 		 721 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4676  hypothetical protein  54.17 
 
 		 1609 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  53.85 
 
 		 820 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1389  phage protein  50 
 
 		 805 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005153 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5968  hypothetical protein  58.82 
 
 		 422 aa  42  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0115219  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3581  TMP repeat-containing protein  50 
 
 		 1206 aa  41.6  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>