39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2488 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2488  phage tape measure protein  100 
 
 		 611 aa  1220    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1441  phage tape measure protein  31.78 
 
 		 706 aa  260  6e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0788  phage tape measure protein  27.97 
 
 		 866 aa  196  8.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2675  phage tape measure protein  29.93 
 
 		 1644 aa  117  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3197  phage tape measure protein  28.93 
 
 		 1318 aa  107  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2670  prophage LambdaMc01, tail tape measure protein, putative  29.6 
 
 		 1343 aa  106  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0280  phage tape measure protein  26.55 
 
 		 530 aa  106  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4710  phage tape measure protein  26.55 
 
 		 513 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.262419 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0873  putative bacteriophage-related transmembrane protein  28.52 
 
 		 1366 aa  104  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00870949 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  28.09 
 
 		 1075 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0657  gp21  24.39 
 
 		 1056 aa  77.4  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011896 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  28.73 
 
 		 1080 aa  77.4  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  27.53 
 
 		 1080 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  27.53 
 
 		 1080 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  27.53 
 
 		 1080 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  30.37 
 
 		 1251 aa  73.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  27.32 
 
 		 1366 aa  72  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  26.94 
 
 		 1354 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4099  phage tape measure protein  34.62 
 
 		 1137 aa  69.7  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245804 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2890  phage tape measure protein  34.62 
 
 		 1137 aa  69.7  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132683 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1416  hypothetical protein  23.74 
 
 		 565 aa  69.7  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1030  bacteriophage tail tape meausure protein  25.29 
 
 		 1282 aa  69.3  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.519663 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3596  phage tape measure protein  26.22 
 
 		 632 aa  68.9  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0625908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  26.04 
 
 		 1380 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2489  phage tape measure protein  31.82 
 
 		 1527 aa  67.4  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1000  phage tape measure protein  27.54 
 
 		 991 aa  64.7  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.734571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2955  hypothetical protein  26.62 
 
 		 712 aa  62.4  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  24.86 
 
 		 1095 aa  60.5  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1321  phage tape measure protein  35.58 
 
 		 760 aa  57.8  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1471  hypothetical protein  31.62 
 
 		 668 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509764  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  44.19 
 
 		 1222 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1615  hypothetical protein  30.77 
 
 		 671 aa  55.1  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0819  tape measure domain-containing protein  26.94 
 
 		 1451 aa  53.1  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.060992  normal  0.0141632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2149  phage tape measure protein  30.77 
 
 		 1308 aa  49.3  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.843593  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0680  hypothetical protein  31.73 
 
 		 1308 aa  49.7  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2103  phage tape measure protein  30.77 
 
 		 1307 aa  48.9  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.56214  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  22.81 
 
 		 915 aa  48.9  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  19.4 
 
 		 921 aa  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2697  hypothetical protein  25 
 
 		 553 aa  43.9  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>